水處理臭氧發生器消毒效果由臭氧與水混合而成的臭氧水溶液有很強的消毒作用，它能快速而廣泛地殺滅多種微生物和致病微生物，當其濃度達到2mg/L，作用1min，就可以殺死諸如大腸桿菌、、細菌芽孢、黑曲霉、酵母等微生物。在實際生產中，臭氧水的灌裝桶或瓶裝臭氧水的濃度應大于0.5mg/L，否則不能保證殺滅包裝材料上的微生物，有可能造成這樣的結果：產品進入入庫檢驗時，由于臭氧濃度低，活菌的檢出率較低，但放置一周后，由于細菌生長繁殖，復檢時的檢出率可能較高。

水處理臭氧發生器消毒效果主要取決于其在水中的濃度。水體中臭氧含量越高，滅菌效果越好。臭氧在水中的濃度又取決于臭氧氣體進入水中的濃度、水溫以及臭氧在水中的分散性。臭氧通氣濃度越高，水溫越低，臭氧在水中的分散度越大；當臭氧與水的混合物充分混合時，臭氧含量越高，消毒效果越好。
此外，臭氧發生器中的關鍵部件是放電管，放電管效率高，產生的臭氧濃度高，在實際使用過程中，如果進入放電管的氣體含有水分和油污，將大大降低放電管的工作效率。所以，進入放電管內的壓縮空氣或氧氣必須經過嚴格的除水除油處理(空壓機帶油)，即必須在生產過程中不定期對氣體預處理系統進行檢查，也可以根據每天測定臭氧水中臭氧含量的結果進行分析，發現問題及時處理。