使用水處理臭氧發生器/農村飲用水消毒設備對水進行消毒比傳統的消毒方法(如氯或紫外線消毒)具有更好的效果。一，臭氧對和細菌的殺滅效果比其他消毒方法都要好，而且接觸時間很短，因此可以減少整個處理過程中的停留時間，不會有化學殘留，也不會有二次污染。
水處理臭氧發生器具有很高的氧化潛力，它能有效地降解微生物和，破壞細胞膜，破壞細菌需要的生物分子成分。在細胞脂質雙層碳氫化合物的氧化中，臭氧可以用來殺死受污染的微生物。
因為臭氧在水中會自然分解，所以基本上不會有有害的殘留。臭氧處理還可以阻止微生物的再生長，只要在消毒過程中的其他過程成功地減少廢水中的微粒。因為無需輸送或處理臭氧，所以需要在現場用水處理臭氧發生器生產，從而消除了與化學處理有關的健康和環境問題。

臭氧可以實現有效消毒，通常使用CT值(濃度乘以時間)來衡量消毒效果。在臭氧和氯化消毒用品之間的消毒對比中，列出了一系列細菌的CT值。
大部分的孢子都有較強的抵抗力，其CT值通常是活體的10-15倍。但大多數情況下，都有一個消毒的“門檻”。今，治療對微生物的影響仍然非常有限或者很小。但超過這個限度，同一物種的所有微生物都會被消滅。
水處理臭氧發生器/農村飲用水消毒設備與其它凈水措施有關，只有經過充分的預處理后，才能對水質進行適當的消毒。很多情況下，消毒過程是水處理系統的一個步驟。舉例來說，在飲用水處理中，應該在消毒前進行篩選、沉淀、絮凝和砂濾，這樣，水就可以消毒了。