在制藥廠，使用空調凈化系統對潔凈區進行消毒，一般而言，潔凈區面積較大，多用空調凈化系統完成潔凈消毒。
將藥廠消毒處理臭氧發生器直接安裝在空調凈化系統的送、回風主管中，或組合空調的中效過濾器后送風部分，這種形式稱為內置臭氧發生器。用臭氧將凈化的空氣送到各個潔凈區，進行消毒。但是，氧氣放電是一個放熱過程，使得發生器介電材料抗熱沖擊能力有限，限制了發生器在工作時所產生的熱量積累不能過大。無論是對于發生器本身的壽命，還是對于O3的產率，都要求發生器的溫度越低越好，而內部臭氧發生器的散熱性能差，會導致臭氧產率低于標準產率，縮短產率。
可將臭氧發生器放置在凈化系統送、回風管道外，將自凈臭氧氣體充入HVAC系統的風道內，然后送各潔凈室，即所謂的外部臭氧發生器。外部安裝的臭氧發生器，安裝維護方便，可以在防爆環境下使用，防爆要求，但成本較高。

三、按照衛生部消毒規范的要求，空氣中臭氧濃度應為2~5ppm，但實際上，潔凈區的消毒不只是對空氣進行消毒，還包括對物體表面進行消毒，因此設計濃度應為10~5ppm，每天做空氣滅菌只需打開1~1.5h，就可達到潔凈室的滅菌，同時對HVAC系統起到殺滅雜菌和霉菌的作用，實踐證明，臭氧發生器所產生的臭氧對過濾器也有溶菌分流作用，延長了其使用壽命。
封閉空間的消毒對于凈化空調系統以外的潔凈室，如化驗室等需要消毒的房間，需單消毒處理。選擇合適的臭氧發生器型號，直接安裝在室內，根據需要設定消毒時間，消毒結束后自動關閉，使用十分方便。對有潔凈度要求的房間，機上設置有過濾器，使藥廠消毒處理臭氧發生器具有自我凈化功能。采用10~20ppm的臭氧濃度設計。如工廠空氣結晶等一般為100,000其他，一般按80g/1000毫升計算。