一全自動次氯酸鈉發生器的主要作用方式是通過其水解生成次氯酸，再進一步分解生成新生態氧，其強氧化使菌體和上部蛋白質等物質變性，從而導致病源微生物死亡。實際上，氯消毒的原理也主要是以產生次氯酸，然后釋放出新的生態氧的方式來進行。
通過化學分析，發現PPM次氯酸鈉在水中幾乎*水解為次氯酸，其效率高達99.99%。它的程序可用化學方程簡單表示如下：
naClO+h2O=hlo+naOH
hclo→hcl+[O]
次氯酸在消毒、殺毒過程中，不僅作用于細胞壁、外殼，而且由于次氯酸分子較小，不帶電荷，還能滲透到細菌體內，與細菌的蛋白質、核酸、和酶等有機大分子發生氧化反應，導致病原微生物死亡。
R+HClO→R2NCl+H2O。
與此同時，次氯酸產生的氯離子可以明顯改變細菌和體內的滲透壓，使細胞失去活力。
另外，次氯酸鈉還能分解殘留在蔬菜、水果和其他農副產品上的微量藥。大多數殺蟲劑是由有機物質組成的，而次氯酸鈉釋放出的新態氧可以將這些物質氧化分解。對現代農業、果蔬包裝業的發展無疑具有重要的促進作用。

還可以肯定的是，由于全自動次氯酸鈉發生器產生的消毒劑不像氯、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，因此一般很難形成由于游離氯的存在而產生的對人體有害的致癌物質；也不像臭氧那樣，只要空氣中存在微弱的量(0.001mg/m3)，就會對生命造成傷害和毒害；而且，還不像氯與水反應會形成鹽酸那樣，對金屬管道造成嚴重腐蝕。