現在的食品企業常用的車間清潔消毒產品是75度酒精、水處理大型氧氣源臭氧發生器技術、紫外線、二氧化氯等，有的企業甚還繼續使用甲醛。認識和合理使用相關消毒產品，更有利于食品企業控制微生物超標。
乙醇優點：揮發性快；但醇性弱，對凹凸不平表面無滲透性，殺蟲率低；易燃物品不易在車間大面積噴灑；成本高，不安全。
使用紫外線燈產生的紫外線輻射對物體表面和空氣進行消毒滅菌，操作簡單，低廉，便于管理，不添加產生有毒有害物質；
不利條件：紫外線強度，隨使用時間而減弱，因此消毒消毒能力持續下降。
紫外線穿透能力弱，只會殺滅直接照射的微生物，易被生產設備阻擋形成死角，影響消毒效果。受到濕度影響較大，相對濕度在80%以上，不宜使用。物體表面的紫外線距離不宜>1。50m，紫外線燈不能開到有人工作的地方。
二氧化氯殺滅范圍廣，對細菌、真菌、、芽孢、艾滋、乙型肝炎等均有良好的殺滅效果；不受溫度、濕度、PH值等因素的影響；可根據不同對象進行不同濃度的稀釋；缺點：有刺鼻氣味；有活化環節。
甲醛對車間空氣的消毒作用時間長，影響生產。比如甲醛熏蒸：消毒時間12小時，靜置4小時，排出空氣8小時，每次消毒少24小時。每次停產消毒2~5天。需設置通風系統或設施，容易造成二次污染。具有較強的刺激性氣味，去除殘留氣味時間長，對生產人員身體有害，有致癌作用。

臭氧是一種消毒劑，不會產生有毒殘留，不存在滅菌后二次污染的問題；同時，提高了室內空氣中的氧氣含量，還具有強烈的除霉、醒、臭等有機物異味的功能，水處理大型氧氣源臭氧發生器技術對中藥及其它原輔料的防霉、防蟲、防蛀等都有明顯的效果，是清潔消毒劑。廣范圍、消毒*，無需設置排風措施，再清洗操作簡單。使用壽命短，氧化劑強，可殺死多種微生物；定時，操作簡單，對空間環境消毒效果理想；
注：：
在使用過程中，臭氧應一邊制一邊存。臭氧氣不穩定，易揮發，受溫濕度的影響，對大多數微生物效果較好，但對真菌效果較差，臭氧不適合人們在工作時使用。