用臭臭氧發生器飲用水消毒效果比用傳統的水消毒(如氯或紫外線消毒)效果更好。一，臭氧對和細菌的殺滅效果比其它消毒方法都要好，而且接觸時間很短，因此減少了整個消毒過程的停留時間，而且不會留下化學殘留，也不會造成二次污染。
臭氧發生器具有高氧化潛力，能有效降解細菌和，使細胞膜破裂，并使細菌中所需的生物分子分解。臭氧氣可以用來氧化細胞脂質雙層烴類，從而殺死污染微生物。因為臭氧在水中會自然分解，所以基本上不會產生有害殘留。臭氧處理還可以阻止微生物的再生長，只要在消毒過程中的其它工藝成功地減少了廢水中的微粒。由于不需要運輸或處理，臭氧需要在現場通過臭氧發生器產生，因此消除了化學處理帶來的健康和環境問題等復雜問題。

臭氧發生器飲用水消毒效果與其它凈水措施有關，只有在水經過充分的預處理后，才能對飲水進行消毒。消毒過程在很多情況下都是水處理系統的一個步驟。如飲用水處理，消毒步驟先是過濾、沉淀、絮凝和砂濾，此時的水適合終后消毒。應先將溶解和不溶解的顆粒從水中去除，因為它們可能導致消毒副產物(特別是在使用氯化技術時)，而且這些顆粒可能含有用于疾病生長的底物(食物)。此外，由于微生物吸附在顆粒上，使其難以從水中去除。水溶液中未溶解的顆粒濃度在消毒前應降低到1mg/l以下。人體或自然來源的其他化合物也會影響消毒處理的性能，這些化合物可能會與消毒劑發生反應，從而增加了需要清除微生物和的消毒劑的數量，同時也會造成難以維持的殘留濃度。