醫院是比較特殊的單位，它的污水、垃圾處理也較為特殊，下面具體講下它的污水處理：
醫院（尤其是傳染病院）及理工科院校實驗室排放的污水必須進行消毒或無害化處理。視污水不同情況，處理方法也不同。就化學方法而論，常使用“三合二”或CL2處理。不論是一節池、二節池或三節池分別單獨投放或選擇投放上述這些含氯消毒劑。有人對用作反生物戰劑的消毒劑，感到十分驚奇！其實，應用標準一是有效，二是價格便宜，容易生產和便于運輸。如果大量需要，即能有力地保障供應！在“備戰備荒為人民”的年代里，我國曾將“三合二”列為戰備物資儲備。
近年來，醫院對污水的處理方法發生了變化。有的采用臭氧，有的采用次氯酸鈉，有的采用二氧化氯，并且做到現場生產現場使用。為什么會發生這樣變化？因為使用的CL2跟廢物中的一些有機物發生了氯代、氯化而生成了氯酚、氯氨等副產物，造成了環境二次污染，嚴重危害了水生動物的生存，損害了生態平衡，而且還會對動物及人類產生致癌作用。
污水處理的新方法中以臭氧為好。國內“海底世界”的養殖水體以臭氧消毒為主。可是臭氧設備造價高，維護要求高，在25℃下的半衰期只有16min，且不能儲運。這些不足之處為次氯酸鈉和二氧化氯留下了發展空間。預料未來的10年之內，醫院廢水處理還是以二氧化氯和次氯酸鈉(NaOCl)為主。《魚類疾病研究》雜志1996年第6期刊登的“二氧化氯應用于水”一文，主要闡述水、自來水；工業廢水、環境廢水；工業循環水；水產養殖水等二氧化氯的應用。如從戰備的觀點出發，儲備氯酸鈉、亞氯酸鈉或穩定性二氧化氯等，以這些二氧化氯的前體物為“戰備物資”是合適的。至于用量、用法、用何種設備等，應視各單位排出物及污染物的具體情況而定。如用NaClO3酸化還原產生二氧化氯，處理廢水是常規方法之一。在水池末端排放前數小時，再加適量Ca(OCl)2]，既可測排出水的余氯量，又可校正pH值；或者加NaOH等作沉淀處理，其污泥還可用作肥料。
醫院廢物處理 ：以二氧化氯處理醫療廢物的案例已見不少。國外已發明二氧化氯裝置，用來處理醫療廢物。其方法是先將要回收的被褥、衣物敷料和不回收敷料、廢紙等分開，然后分別輸送到一個耐二氧化氯腐蝕的樹脂密閉容器中，并向此容器注入二氧化氯前體物（NaClO2）和酸等，只需同時攪拌或粉碎10min，便可達到*消毒的效果。對于玻璃、塑料、金屬器具甚至嬰兒尸體也可以用二氧化氯處理，從而不需再用焚尸爐，免得費油、費事、費時，還污染環境。用此方法只需使用樹脂容器，就可處理不同的醫用品，其簡便方法值得各醫院參考引用。另外，各家醫院在洗工作服、被褥時，如能同時加入二氧化氯前體（如NaClO2或S.ClO2穩定液），既可達到消毒目的，又可漂白織物，做到一舉兩得綜合結論：二氧化氯效果更好.
