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納濾膜的可靠性是目前阻礙納濾膜推廣應用的關鍵之一，而納濾膜污染又是影響其可靠性的決定因素。盡管在納濾膜的應用過程中產生膜污染是在所難免的，但是可以通過對不同的納濾膜污染采取相應的措施來減少納濾膜污染程度。
目前控制納濾膜過程污染的方法大體可分為以下四種：
1、清洗：清洗方法的選擇主要取決于納濾膜的構型、膜種類和耐化學試劑能力以及污染物的種類，常用的方法有物理方法和化學方法兩類。
2、改變物料的性質：在膜過濾之前，對料液進行預處理如熱處理、 加配合劑(EDTA等) 、 活性炭吸附、 預微濾和預超濾等，以去除一些較大的粒子;也可調節PH 遠離蛋白質等電點從而減輕吸附作用造成的納濾膜污染。
3、改變操作方式：改變操作方式實際上是改善膜面流動方式，其主要方法有：一是在膜過程中采取一定的操作策略;另外則是改進膜組件及膜系統結構設計。用這兩種方法可讓流體在納濾膜組件中的流動呈現出減輕膜污染和濃差極化的理想狀態。
4、納濾膜的改性：改變膜材料或膜的表面性質把膜表面改變成親水性，為了強化膜的操作性能，減少膜污染，膜表面的更新是一種方法，膜面與溶質的物理化學相互作用可由合適的表面活性劑來控制。
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