IC離子液相色譜柱的分析柱一直是影響離子色譜分析結果的一個重要因素，因此幾乎所有的離子色譜儀器生產廠家將離子色譜柱列入重要指標，同時又有眾多的廠家研制和生產不同用途、不同分離機理的離子色譜柱。

目前，IC離子液相色譜柱的分析柱用的分析柱主要由一定內徑的柱管加上不同類型的填料所組成，針對離子色譜流動相比較多的采用酸、堿、鹽的特點，目前多數離子色譜柱管材料由PEEK材料所組成（少數廠家也采用不銹鋼作為柱管），隨著離子色譜對柱效要求的提高，離子色譜所用的填料顆粒也越來越小，同時也對柱管所能夠承受的壓力要求越來越高，新型的離子色譜柱要求能夠承受40Mpa的壓力。

一般IC離子色譜柱內徑約為4mm或4.6mm，這樣的色譜柱比較適合于常規1mL/min流量的分析，針對特定的痕量分析和聯用技術的需要，新型的離子色譜柱也采用微孔型離子色譜柱，微孔型離子色譜柱內徑約為2mm，需要的流量只要常規離子色譜的1/4，但對于同樣的進樣量檢測信號可以提高4倍，而所用流動相大大減少，是離子色譜今后的一個發展方向；此外，對特定的分離方式（如離子排斥）色譜柱，色譜柱內徑可以采用9mm規格，而對一些用于半制備用途的離子色譜柱，也可采用大內徑規格。

IC離子色譜柱管內填有顆粒大小均勻的固定相，一般商品化離子色譜柱填料主要用5~15μm顆粒的高分子聚合物小球，特定場合下也采用無機氧化物（如硅膠）顆粒，目前離子色譜柱所用填料的顆粒主要為球形，而針對填料表面結構性質（孔隙的大小），填料可以分離微孔型、大孔型和超孔型，隨著離子色譜應用于復雜樣品越來越多，對離子色譜柱的交換容量要求也越來越高，超孔型填料也是離子色譜的一個發展趨勢。

一般情況下，IC離子色譜柱填料都含有表面功能基，針對表面功能基與固定相基質的連接方式不同，基本上可以分為接枝型和凝膠附聚型兩種類型，接枝型固定相是功能基通過化學鍵方式與固定相基質連接，有比較高的穩定性；而凝膠附聚型的功能基是通過靜電作用力，將帶功能基的小顆粒與帶反電荷基團的基球結合，具有非常高的表面積和交換容量。