Topoisomerase I (Vaccinia virus)

描述：

該 Topoisomerase I 來源于牛痘病毒（vaccinia virus），通過基因重組方案制備純化。其能解旋DNA的超螺旋結構，除此外其能識別并切割雙鏈 DNA 末端 [5’C(T)CCTT↓]，并且與 DNA 形成共價連接形成穩定復合物。該共價復合物遇到DNA 的5’-OH基團后，重新連接形成完整 DNA 鏈。因此，使用該酶可作為 DNA 連接的有效工具，可用于 DNA 的載體連接（TOPO 克隆載體制備）、接頭連接（NGS 建庫）等實驗。
應用
DNA-載體連接
接頭連接
儲存：-20°C 可保存 3 年。
TOPO 酶保存液：20mM Tris-HCl，pH7.8，150mM NaCl，
0.1% Tween20，50%甘油。
反應實例 1（質粒解旋）
10×TOPO Buffer 2.5 μl
超螺旋質粒 DNA 1-20 μg
Vaccinia TOPO (5pmol/μl) 1 μl
ddH2O Up to 25 ul
37°C 孵育 5-15min。
反應實例 2（接頭連接）
10×TOPO Buffer 2.5 μl
2 M NaCl 2.5 μl
接頭 A(含 CCCTT) 5-100 pmol
接頭 B(含 5‘OH) 5-100 pmol
Vaccinia TOPO (5pmol/μl) 1 μl
ddH2O Up to 25 ul
37°C 孵育 5-15min。
注意：（1）雙鏈接頭 A 通常 5’做 NH2 封閉修飾，以防止自連接；接頭 A 的 CCCTT 后通常包含 5-12bp 尾巴，再長的尾巴會導致連接效率大幅下降；
（2）雙鏈接頭 B 的 5’端必須包含-OH。
（3）由于該酶應用廣泛，在不同的實驗中使用策略不同，需要靈活運用。該類實驗請根據文獻）進行調整。

一、模板DNA：PCR反應需要模板DNA，如從細胞、組織、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反應的兩個引物，分別與模板DNA的兩端配對擴增所需的特定區域，引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反應中需要四種dNTPs，包括脫氧腺苷酸（dATP）、脫氧胸苷酸（dCTP）、脫氧鳥苷酸（dGTP）、脫氧胞嘧啶酸（dTTP），用于細胞分裂、DNA合成         等生物學過程，用于PCR擴增的模板DNA鏈的延伸和擴增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反應需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等，用于擴增DNA鏈；

五、PCR buffer溶液：對PCR反應具有緩沖作用，調節反應pH，硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機化合物如甲醛，可增強PCR反應特異性，從而提高反應效率；

六、酶切體系：PCR擴增往往涉及到重組、構建和測序等等實驗步驟，常常需要進行酶切操作。

七、MARK:一種分子量標準，用來判別DNA片段大小的工具。

八、DNA純化試劑盒：用于純化PCR反應產物；

①Oligo dT
選擇Oligo dT時，要求RNA必須有Poly A，所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT，對RNA樣品的質量要求較高，不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進行RT反應，建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機引物和特異性引物的穩定性要好。
②隨機引物
適合各種RNA的RT，尤其適合模板豐度很低的情況（比如某個gene表達量很低）。選擇隨機引物時，鏈cDNA合成反應中就是以所有的RNA為模板，然后進行PCR反應時設計引物進行特異性擴增。同時要注意隨機引物的量和總RNA量之間的關系，一般建議每5µg總RNA的隨機引物的用量為50ng，如果每5µg總RNA的隨機引物的用量超過250ng，可能會導致小片段產物（＜500bp）的增加和長片段、全長產物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物（GSP）是某個基因序列的一部分，與模板互補的引物。該引物需要結合目標RNA的已知序列進行設計。由于引物和RNA序列特異性結合，每個目標RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此，當分析多種目標時，則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同，所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物，建議對退火溫度進行優化。