熒光素按激發光波長來分，主要是激發波長為375 nm、405 nm、488 nm和633 nm 4類，其中，常用的是激發波長為488 nm和633 nm的熒光素，如FITC、PE、APC、PI等。

激發波長為488nm的熒光素。

1、異硫氰酸熒光素（fluorescein isothiocyanate，FITC）：FITC是應用最為廣泛的一種熒光素，經激光激發后發出明亮的黃綠色熒光，最大發射波長為525 nm。FITC的熒光強度受PH影響較大，常隨著PH的降低而減弱，因此，在使用FITC時需格外注意溶液的酸堿度。

2、Alexa Fluor 488：Alexa Fluor是美國分子探針公司開發的系列熒光染料，Alexa Fluor 488的發射光譜與FITC幾乎一致，經激光激發后發出綠色熒光，最大發射波長為519 nm，但其熒光強度和穩定性要優于FITC。一般來說，Alexa Fluor 488在pH 4-10范圍內能保持較好的光穩定性。

3、 藻紅蛋白（phycoerythrin，PE）：PE是從紅藻中分離純化獲得的一種常見染料，經激光激發后發出橙黃色熒光，最大發射波長為575 nm。PE具有吸光性能好和光量子產率高的特點，可用于標記表達水平較低的蛋白。在流式細胞術檢測中，PE標記的抗體適用于所有配備488 nm氬離子激光器的流式細胞儀。

4、PE-Cy5：PE-Cy5是一種復合染料，屬于藻紅蛋白偶聯物，在此類復合染料中，激發能量可從PE傳遞到Cy5上，最大發射波長為667 nm。由于PE-Cy5與FITC、PE在光譜上重疊范圍較少，熒光干擾少，因此實驗中常將PE-Cy5與FITC、PE搭配使用。需注意，PE-Cy5不適合與APC搭配使用，兩者熒光重疊大。

5、PE-Cy5.5：PE-Cy5.5也是一種復合染料，能量從PE傳遞到Cy5.5上，最大發射波長為694 nm。同PE-Cy5不一樣，PE-Cy5.5與FITC、PE、APC間熒光干擾小，可搭配使用，且其熒光強度要優于PE-Cy5。

6、PE-Cy7：復合染料，最大發射波長為785 nm。PE-Cy7與FITC無光譜重疊，與APC重疊也較少，因此其可與FITC、PE、APC搭配使用。在實驗中需要注意，PE-Cy7的光淬滅性很強，需要絕對避光環境。

7、PerCP-Cy5.5：復合染料，最大發射波長為695 nm。與PerCP相反，PerCP的光量子產率較低，適用于表達水平較高物質的檢測，PerCP-Cy5.5光量子產率高，可用于表達水平較低物質的檢測。在雙激光管儀器上與APC共同檢測時，需要做補償調節，但比PerCP補償少。

8、PI/7-AAD：碘化丙啶（propidium iodide，PI）和7-AAD（7-amino-actinomycin D）的最大發射波長分別為617 nm和647 nm，是常見的熒光染料，常用于細胞凋亡檢測，可用于鑒別死、活細胞。在大部分流式細胞儀上，PI在FL2或FL3通道檢測，7-AAD在FL3通道檢測。7-AAD同PI 有著相似的熒光特性，但其發射波譜較PI窄，對其他檢測通道的干擾更小，在多色熒光分析中是PI的最佳替代品。