特殊的地質使某些地區有某種化學元素大量富集，天然植物的腐爛過程中產生某種有害物質，以及降雨淋洗大氣和地面后挾帶各種物質流入水體等，都會影響當地水質。造成自然污染的有害物質含量一般稱為自然本底值或背景水平是自然污染。例如一般天然水中，氟的本底值為0.15～0.4毫克/升，鎘的本底值為0.007～0.013毫克/升。

節能自主實驗室廢水處理設備經濟實惠人類社會在生活生產活動中產生的廢物對水的污染包括生活污水、工業廢水、農田排水和礦山排水。此外，廢渣和垃圾傾倒在水中或岸邊，甚至堆積在土地上，廢氣排放到大氣中，這些經降雨淋洗后流入水體，也會造成污染均是人為污染。

水的流動性很大，溶解能力又很強，因此在自然循環中水與大氣、土地和巖石接觸的每一個環節都會有各種雜質混入和溶入，使自然界幾乎不存在純粹的水。而特別是在社會循環中，更會有大量的社會和各種生產的廢棄物排入水體，而使水受到污染。

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自然環境是一個動態平衡體系，對其中各種物質的變化具有一定的自動調節能力和緩沖作用，這種能力稱為“環境容量”。水體也有這種在一定程度下能自身降低污染程度的能力。通常稱為水的自凈能力。當進入水體的外來雜質含量超過了水體的自凈能力而使水質惡化，對人類環境和水的利用產生不良影響，這就叫水的污染。

水作為一種寶貴的資源，其重要性不言而喻，譬如日常生活和飲用給水，工業用水（包括冷卻用水），農業用水（包括灌溉用水），漁業用水，水生生物和海生生物的生存和繁殖，旅游和水上運動，水能利用，航運等等。諸如這些不同的用途對水量和水質都有著一定的要求。