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常用的消毒方法可分為化學和物理的兩種：物理消毒有加熱法、紫外線法、超聲波等法；化學法有加氯法、臭氧法、重金屬離子法以及其他氧化劑法等。需要結合實際水質和要求選擇適宜的消毒方法，純水的消毒方式多采用UV紫外線法。紫外線消殺是利用生物體內的核酸吸收了紫外光的能量后，從而改變了其自身的結構，進而破環了核酸的功能所形成。當核酸吸收的能量達到致死量時，紫外光的照射又繼續保持一定時間，細菌便大量死亡。在UV燈制造技術方面的進步，目前可制造同時產生185nm和254nm波長的紫外燈管，這種光波長組合可利用光氧化有機化合物，將超純水中的總有機碳濃度降低至5ppb以下。
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