制藥廢水由于其污染物濃度高，水質復雜，水質水量變化大，且含有多種抑制廢水生物處理物質，特別是含有多種抑制厭氧生物處理的物質。因此，長期以來是我國醫藥界和環保工程界的一大難題。 

藥品按工藝分類： 藥品按其特點可分為抗生素、有機藥物、無機藥物和中草藥4大類。目前我國生產的常用藥物有2000種左右，不同種類的藥物采用的原料種類和數量各不相同。此外，不同藥物的生產工藝及合成路線又區別較大。 

在醫藥的生產過程中往往需要將生物、物理和化學等諸多工藝進行綜合，因此產生的制藥廢水的組成 。

主生產過程排水：此排水是重要的一類廢水，包括廢濾液、廢母液(從濾液中提取藥物)、溶劑回收殘液等，該廢水濃度高、酸堿性和溫度變化大，藥物殘留是此類廢水的特點，雖然水量未必很大，但是其中污染物含量高，對全部廢水中的COD貢獻比例大，處理難度大。

輔助過程排水：包括工藝冷卻水(如發酵罐、消毒設備冷卻水)、動力設備冷卻水(如空氣壓縮機冷卻水、制冷機冷卻水)、循環冷卻水系統排水、水環真空設備排水、去離子水制備過程排水，蒸餾(加熱)設備冷凝水等，此類廢水污染物濃度低，但水量大，并且季節性強，企業間差異大，此類廢水也是近年來企業節水的目標。需要注意的是，一些水環真空設備排水含有溶劑，COD濃度高。

沖洗水：包括容器設備沖洗水(如發酵罐沖洗水)、過濾設備沖洗水、樹脂柱(罐)沖洗水、地面沖洗水等。其中:過濾設備沖洗水(如板框過濾機轉鼓過濾機等過濾設備沖洗水)污染物濃度也很高，主要是懸浮物，如果控制不當，也會成為重要污染。

生活污水：與企業的人數生活習慣管理狀態相關，但不是主要廢水。