氯的殺菌機理
RNA和DNA等物質釋出，并影響多種酶系統（主要是磷酸葡萄糖去氫酶的巰基被氧化破壞），從而使細菌死亡。氯對病毒的作用，在于對核酸的致死性損害。有資料指出病毒對氯的抵抗力較細菌強，其原因可能是病毒缺乏一系列的代謝酶；氯較易破壞—SH鍵，而較難使蛋白質變性。影響消毒效果的因素
PH值、水溫、水的渾濁度和微生物的種類及數量。
 
 加氯量
“需氯量”。為保證消毒效果，加氯量必須超過水的需氯量，使在氧化和殺菌后還能剩余一些有效氯，稱為“余氯”。一般要求氯加入水中后，接觸30分鐘，水中至少應保持游離性余氯0.3mg/L。在配水管網末梢，游離性余氯不應低于0.05mg/L。余氯分為游離性余氯和化合性余氯兩種，游離性的HOCl、OCl‾ 和Cl2；化合性如NH2Cl和NHCl2。前者殺菌力較強，后者殺菌力較弱。接觸時間
（指HOCl和OCl‾）消毒時，接觸時間應至少30分鐘，游離性余氯達0.3 - 0.5mg/L；采用氯胺（指NH2Cl和NHCl2）消毒時，接觸時間應在1 -2小時，化合性余氯達1-2mg/L。水的PH值
PH值。當PH值＜5.0時，HOCl呈100%形式存在于水中，隨著PH值的增高，HOCl逐漸減少而OCl‾逐漸增多。PH值在6.0時，HOCl在95%以上；PH值＞7.0值，HOCl含量急劇減少；PH＝7.5時，HOCl和OCl‾ 大致相等；PH值＞9時，OCl‾ 接近100%。根據對大腸桿菌的實驗，次氯酸(HOCl)的殺菌效率比次氯酸離子（OCl‾）高約80倍。因此，消毒時應注意控制水的PH值，不要太高，以免生成OCl‾ 較多，HOCl較少而影響殺菌效率。用漂白粉消毒時，因同時產生Ca(OH)2，可使PH值升高。故當漂白粉因保存不當或放置過久而使有效氯含量低時，消毒效果會受影響。二氯胺的殺菌效果較一氯胺高，三氯胺則幾乎無殺菌作用。它們之間的生成量比例，取決于氨和氯的相對濃底，PH值和溫度等因素。一般而言，當PH值＞7時，一氯胺的生成量較多；PH＝7.0時，一氯胺和二氯胺近似相等；PH值＜6.5時，主要為二氯胺；三氯胺只有當PH值＜4.4時才存在。水溫
10℃，病菌殺滅率約提高2-3倍。
水的渾濁度
HOCl）和次氯酸離子（OCl‾）直接與水中細菌接觸，方能達到殺菌效果。如水的渾濁度很高，懸浮物質較多，細菌多附著在這些懸浮顆粒上，則氯的作用達不到細菌本身，使殺菌效果降低。這說明消毒前混凝沉淀和過濾處理的必要性。
水中微生物的種類和數量
100%的殺滅效果，常以99%、99.9%或99.99%的效果為參數。故消毒前若水中細菌過多，則消毒后水中細菌數就不易達到衛生標準的要求。