潛水曝氣機在使用之前要對其進行安裝設置以保證它的正常運行，讓潛水曝氣機發揮出它的大優勢。
潛水曝氣機的自耦式安裝是將曝氣裝置和的底座固定在水池底部，在池頂安裝好配套的支撐塊，用導軌使兩者相連，潛水電泵與特定支架聯接好后沿導軌下滑到底座出口位置，通過泵自重，自動耦合并密封。自耦式安裝無需安裝或維修人員進入水坑即可提升和安裝電泵。移動式安裝方式是將設備安裝于池底部，依靠自重定位，具有安裝位置可變動、靈活、成本低等特點。
在潛水曝氣機初次啟動或每次重新安裝后都應檢查轉動方向，轉動方向不正確，會降低效率，并損壞潛水曝氣機。檢查方法是：潛水曝氣機在終安裝前，應舉高并作簡單的啟動，從底部向上看潛水曝氣機的吸水口，葉輪按逆時針方向旋轉。如果旋轉方向不正確可以交換控制柜或端子箱上三相線中的任意兩條線的位置，就能改變轉動方向。如果幾臺潛水曝氣機連到一控制柜或端子箱上，各臺潛水曝氣機必須單獨進行檢查。
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