沼氣中的甲烷比空氣輕，非常易燃，空氣中甲烷含舉為5%-15%時，遇明火即發生爆炸，所以確保UASB反應器的安全運轉很重要。
1、消化池、儲氣柜、沼氣管道及其隸屬設備等沼氣體系，都應密封，無沼氣漏出。
2、周圍禁止明火和電氣火花，不能使空氣有進人沼氣體系的或許，一切電氣設備應滿意防爆要求。
3、需因出料或檢修進人消化池之前，必須以新鮮空氣*置換池內的消化氣體，并做好繼續的足量通風，才可進入。
4、在進行工作時，污泥負荷要恰當。為堅持厭氧消化進程三個階段的平衡，使揮發性脂肪酸等中心產物的生成與消耗平衡，避免酸積累導致pH值下降，進水有機負荷不宜過高，一般不0.5kgCODcr/(kgMLSS·d)。
5、一般的工業廢水溫度難以達到35℃，需要加熱。因此，為節省加溫所需能量，一方面要注意保溫，盡或許避免UASB反應器熱量流失，另一方而要充分發揮反響器內污泥濃度較大的特色，盡或許提高反響器內污泥濃度，削弱溫度對厭氧反應的影響。
6、設備工作中，要確保沼氣要及時有用地排出。厭氧消化過程會伴隨著沼氣的發生，沼氣對污泥能夠起到攪拌效果，促進污水與污泥的混合接觸，這是其有利的一面。同時，沼氣的存在也會起到類似浮渣的效果，沼氣向上溢出時將部分污泥帶到液面，導致浮渣的發生和出水中懸浮物含量添加及水質變差。因此，要設置氣體擋板和集氣罩，將沼氣從厭氧消化設備內引出，以確保出水水質。
7、當被處理污水濃度較高時，須采取回流的運轉方法，回流比根據具體情況確定，有用的回流，不僅能夠下降進水濃度，還能夠增大進水量，確保處理設備內的水流分布均勻，避免UASB反應器呈現短流現象。
8、當被處理污水懸浮物濃度較大時，就應當對污水進行沉淀、過濾、或浮選等恰當的預處理，以下降進水的懸浮物含量，避免填料層阻塞。
