重廢水中的重金屬主要來自工業廢水，其毒性很大。污水處理廠通常沒有較好的處理方法，通常需要在排放車間內進行就地處理達到國家排放標準后再進入排水系統，如果污水處理廠出水中重金屬含量上升，往往說明預處理出現了問題。一噸污水處理設備一噸污水處理設備
水中的硫化物超過0.5mg/L后，就帶有令人厭惡的臭雞蛋味，且有腐蝕性，有時甚至會引起硫化氫中毒事件。使用氯消毒時，為保證在輸送過程中微生物的繁殖，出水中余氯（包括游離性余氯和化合性余是消毒工藝的控制指標，一般不超過0.3mg/L廢水的生物性指標有細菌總數、大腸菌群數、各種病原微生物和病毒等。醫院、肉類聯合加工企業等廢水排放前必須進行消毒處理，國家有關污水排放標準對此已經作出了規定。
污水處理廠一般不對進水中的生物性指標進行檢測和控制，但對處理后的污水排放之前要進行消毒處理，以控制處理污水對受納水體的污染。如果對二級生物處理出水再進行深度處理后回用，就更需要在回用前進行消毒處理。
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