牲畜糞便和農場廢水是寶貴的資源。經過厭氧消化處理后，既可實現無害化，又可回收沼氣和有機肥。因此，沼氣工程的建設將是中小型農場糞便廢水處理的良好選擇

好氧處理：好氧處理是指利用好氧微生物處理養殖廢水的過程。好氧生物處理可分為好氧處理和人工好氧處理

好氧生物處理是利用水體和土壤中的微生物對廢水進行凈化的方法，也稱為自然生物處理，主要包括水凈化和土壤凈化。前者主要包括氧化池（好氧池、兼氧池、厭氧池）和養殖池；后者主要包括土地處理（緩慢滲透、快速過濾、表面溢流）和人工濕地。自然生物處理法不僅基建成本低、電耗低，而且對有機物、氮、磷等難以生物降解的營養物質和細菌的去除率高于常規二級處理，有的可以達到三級處理的效果。另外，在特定條件下，與污水灌溉相結合，可以實現污水的資源化利用。這種方法的缺點是占地面積大，處理效果易受季節影響。但是，如果農場較小，附近有廢棄的溝渠、池塘和海灘可供利用，則應盡可能選擇這種方法，以節省投資和處理成本。人工好氧生物處理是采用人工強化供氧來提高好氧微生物活性的廢水處理方法。主要包括活性污泥法、生物濾池、生物轉盤法、生物接觸氧化法、序批式活性污泥法、厭氧/好氧（A/O）法和氧化溝法。從處理效果來看，接觸氧化法和生物轉盤法的處理效果優于活性污泥法。雖然生物濾池的處理效果也很好，但容易堵塞濾池。氧化溝和a/O工藝屬于改良活性污泥法。氧化溝出水水質好，污泥產生量小。也可用于污水脫氮處理，但BOD負荷小，占地面積大，運行成本高。A/O本體是既去除BOD又去除氮的活性污泥處理工藝。該方法投資大，但處理后的水容易達到排放標準。因此，對于養殖規模大、廢水量大、經濟能力強的養殖場，可選擇a/O法；對于中型養殖場，可選擇接觸氧化、生物轉盤等好氧處理工藝。