如果天然氣全分析色譜儀的基線一直向下漂移，即“水平”值逐漸下降到負值，很可能是載氣泄漏，需要查明各路是否有泄漏連接器組件。如果沒有泄漏，但基線仍然漂移，這可能是電路系統的故障。分析人員可以發現并排除色譜儀氣路的故障，但排除氣路的故障并不容易，這需要分析人員對電子電路有一定的了解，并且清楚色譜儀主機接線圖及各系統電氣原理圖。
色譜電路系統的故障一般是溫度控制系統和檢測放大系統的故障。當然，每個系統的電源故障并沒有消除。溫度控制系統的主電路由可控硅和電熱絲組成。晶閘管導通角的變化改變了加熱功率和溫度。然而，色譜儀控制晶閘管導通角變化的是輔助電路，包括鉑電阻和線性集成電路。
天然氣全分析色譜儀流量不足原因：
(1)直觀檢查：首先檢查儀器系統是否有明顯的漏氣聲。在儀器系統氣路有較大的泄漏發生時，很可能導致流量調不上去。如果聽不到漏氣聲則轉入(3)進行。
(2)查漏：聽到有漏氣聲之后，可依照聲音發出的方向而逐步定位。此時可利用皂液的涂抹進一步確定漏氣的發生處。找到原因后及時堵漏。
(3)柱前壓觀察：觀察柱前壓指示表的數值大小，可迅速判斷是氣源引起的故障，還是儀器內部氣路堵塞及損傷造成的。如果是柱前壓太低(精確地說是比正常流量操作時的預定壓力值低)，則說明氣源需要檢查；如果柱前壓正常則需要檢查儀器的內部氣路。
(4)鋼瓶高壓檢查：打開鋼瓶閥后，觀察高壓表指示，壓力應在1~15MPa之間。如果壓力在1MPa以下，停用該鋼瓶，換氣；如壓力值在合適的范圍內，說明鋼瓶壓力正常。
(5)減壓閥上低壓輸出檢查：調節減壓閥看鋼瓶上低壓表指示能否調到0.25~0.6MPa之間。如果正常，可懷疑氣路過濾接頭有堵塞或者是儀器上的穩定閥有問題，此時應按照(6)來進行；如低壓值不正常，則說明減壓閥有問題，需進行(7)的修理。
(6)過濾器堵塞及穩壓閥檢查：將過濾器出口到儀器氣源入口處的接頭緩緩旋開，觀察是否有較強的氣流從接頭處跑出。如有，則說明過濾器不堵塞，穩壓閥可能有問題。在確定穩壓閥不出氣后，可進行閥拆卸與清洗，這可能是穩壓閥內閥針與閥座間堵塞所致。如清洗后閥仍不能正常工作，換一個新閥；在上面試驗中若無較強氣流從旋開的接頭中流出，需要檢查過濾器入口前后可能堵塞之處；當然中間管線的堵塞也是可能的，但發生率甚小。
(7)減壓閥修理：在明了減壓閥的結構之后，可拆卸修理減壓閥。由于該減壓閥入口一側有高壓，有條件的，建議換用新閥；換閥時必須注意到，氫氣表或氧氣表應與其它氣源表所用減壓閥分開使用，減壓閥上應標明其專用的氣源名稱。
