制藥廢水生化處理一體化設備業內專家分析表示，制藥廢水的處理難點在于廢水中的某些成分有可能抑制微生物的生長，進一步降低廢水的可生化性，使出水不符合排放標準。因此，提高可生化性是藥企在進行制藥處理過程中面臨的主要問題。目前，制藥廢水的處理方法主要有物理化學法、化學法和生化法以及組合處理工藝。
其中，物理化學法可以作為預處理手段提高廢水的可生化性，也可作為深度處理方法使出水達標排放。主要的物理化學處理法有混凝、吸附、氣浮、離子交換及膜分離法等。
制藥廢水生化處理一體化設備化學法是廢水處理的傳統方法，目前以氧化法、電解法以及高級氧化法等比較常見。
而生化法由于在制藥廢水處理過程中，單獨采用好氧或厭氧生物處理法往往不能達到預期的處理效果，所以常用多種方法的組合處理工藝以達到排放標準。
目前，許多醫藥企業在制藥廢水處理方面也都有自己*的方法。例如，制藥業遵循*準分類的原則，嘗試回收利用制藥廢水，實現全過程管控。
對于原料藥，揚子江藥業在生產過程中就進行廢液分類，并按照單組份和多組份分開處理，降低污水處理系統的處理壓力和廢液處置難度。
在對于中藥廢水，揚子江藥業將生產過程中產生的高濃度廢水和低濃度廢水進行分類收集和處理，降低污水處理成本的同時，提升污水處理設施的處理效率。
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