一體化氨氮污水處理設備高氨氮廢水的危害主要有以下方面：
一方面是廢水中的氨氮是水體富營養化和環境污染的重要物質，易引起水中藻類及其他微生物大量繁殖，自來水處理廠運行困難，造成飲用水異味，嚴重時會使水中溶解氧下降，魚類大量死亡，甚至會導致湖泊的干涸滅亡。
另一方面，氨氮還會使給水消毒和工業循環水殺菌處理過程中增大用氯量;對某些金屬(銅)具有腐蝕性; 當污水回用時，再生水中氨氮可以促進輸水管道和用水設備中微生物的繁殖，形成生物垢，堵塞管道和用水設備，并影響換熱效率。
其次，氨在硝化細菌的作用下氧化為亞硝酸鹽及硝酸鹽，硝酸鹽由飲用水而誘發嬰兒的高鐵血紅蛋白癥，而亞硝酸鹽水解后生成的亞硝胺具有強烈的致癌性，直接威脅著人類的健康。
含氮物質進入水環境的途徑主要包括自然過程和人類活動兩個方面。含氮物質進入水環境的自然來源和過程主要包括降水降塵、非市區徑流和生物固氮等。
一體化氨氮污水處理設備人類的活動也是水環境中氮的重要來源，主要包括未處理或處理過的城市生活和工業廢水、各種浸濾液和地表徑流等。
人工合成的化學肥料是水體中氮營養元素的主要來源，大量未被農作物利用的氮化合物絕大部分被農田排水和地表徑流帶入地下水和地表水中。
隨著石油、化工、食品和制藥等工業的發展，以及人民生活水平的不斷提高，城市生活污水和垃圾滲濾液中氨氮的含量急劇上升。
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