醫院污水中含有許多糞便、傳染性細菌和病毒等病原性微生物。污水中含有酸、堿、懸浮固體、BOD、COD和動植物油等有毒、有害物質。牙科治療、洗印和化驗等過程產生污水含有重金屬、消毒劑、有機溶劑等，部分具有致癌、致畸或致突變性，危害人體健康并對環境有長遠影響。同位素治療和診斷產生放射性污水。放射性同位素在衰變過程中產生a-、β-和γ-放射性，在人體內積累而危害人體健康。 

醫院污水處理設備工藝選擇原則： 

A、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。 

B、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。 

C、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院*采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。 

D、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。 

由于醫院污水與城市污水水質類似，比單純的生活污水水質濃度要低，可生化性強，同時要考慮到去除氨氮，擬采用國家環保總局*的生物接觸氧化法進行處理，該法可以有效的去除有機污染，已在實際中*使用，工藝比較成熟。 生物接觸氧化法是活性污泥法與生物濾池結合的生物膜法，曝氣濾池中填充填料，采用水下曝氣機曝氣，經曝氣的污水流經填料層使填料表面長滿生物膜，微生物部分固著、部分懸浮，污水和生物膜接觸，在生物膜的生化作用下，污水得到凈化，生物接觸氧化法兼有活性污泥法和生物膜法的優點。