SCADA在工廠自動化系統中，位處PLC與MES之間，SCADA可將底層數據采集起來，進行分析、處理、顯示、存儲，傳輸等，其接口眾多，速度快，還能將采集到的數據傳輸到MES系統中。
企業在生產組織與管理的e化系統主要有3種方式，包括MRPII/ERP、SCADA/HMI以及MES。MRPII/ERP是以物料需求計劃或資源計劃方式來作生產管理，SCADA/HMI為監控生產管理，MES則是連接自動化設備，并且整合各采擷點的資訊，來進行數據分析管理，其中SCADA因為專業程度較高，加上MES也有資料擷取功能，多數企業過去未將此列入e化規劃中，而是考慮ERP與MES兩種架構。
不過比較SCADA與MES兩者系統，SCADA在資料擷取與監控的強大效能，終究非MES所能全面取代，而就功能取向來看，MES主要的作用仍在于管理，在自動化平臺的資料流中，SCADA是屬于資料提供者，而MES是接受者，SCADA將從PLC所擷取到的資料，往上送給MES，MES再與其他資訊一起匯整，分析出資料意義，提供給管理者。
不管是SCADA或MES，對企業來說都只是自動化架構的一部分，因此無從比較誰比誰重要，都是透過自動化系統優化作業流程、合理配置與即時調度資源，達到降低制造成本、提升設備稼動率。
SCADA與MES內容不同、所能解決的問題也不同，SCADA主要是以設備為主，透過資料擷取與監控，來產生各種設備資料，提供給MES，MES是重視現正發生的現場生產情況，能夠即時解決現在的生產資源瓶頸問題，就目標的區隔來看，SCADA著重的是設備，MES則是制程。
MES與SCADA的架構內容與所能解決的問題都不同，沒有必然的導入順序，企業在選擇時必須從當前所面臨的問題思考。例如中小型代工制造業者，不但必須滿足客戶的稽核需要、在有限的訂單金額下，為了提，還必須從內部降低制造成本，并提高生產效率與品質，因此企業可以先選擇SCADA，利用SCADA系統所產生的數據，提升設備利用率，精細管理生產現場的人、機、料，優化生產流程。
如果企業的規模龐大，在銷售、財務等生產以外的資源配置吃重，營業版圖不于一地擴及數個國家，這時企業的建置重點就在于協調不同層面的企業資源，藉此提高運作效率，此時就可藉由MES亦或ERP，來讓企業的資源可以進行協調調度，并且加入SCADA系統，與MES、EPR等系統并不沖突，如此便可利用自動化系統，達到資源優化的目的。
