有些儀器的使用說明書會給出光譜儀的常見故障及排查方法，有些儀器還有自診斷功能，當傅里葉紅外光譜儀不能正常工作時，可先啟動儀器自診斷功能，檢查儀器某些器件工作狀況，或者根據儀器的異?，F象，參照儀器使用說明書進行排查。
若發現是光譜儀硬件損壞，應請專業維修工程師來現場處理，若無法查出故障原因，也應及早與維修工程師溝通，及時傳遞儀器的故障信息·以便工程師來現場維修之前能大概判定故障原因并準備好所需的備品備件。如果故障原因不是硬件問題，可通過調整、重新設置光譜儀參數等技術操作解決的，可自行處理。下面為一些常見故障及排査方法，供參考。
(1)干涉圖能量低，導致信噪比不理想
可能原因：
1.光路準直未調節好或非智能紅外附件位置未調整到正確位置；
2.紅外光源已損壞或能量已衰竭
3.檢測器已損壞或MCT檢測器無液氮；
4.分束器損壞；
5.各種紅外反射鏡或紅外附件的鏡面太臟；
6.光闌孔徑太小或信號增益倍數太小；
7.圓光路中有衰減器。
排除方法：
1.啟動光路自動準直程序，如果正在使用非智能紅外附件，則還需要人工準直；
2.更換紅外光源；
3.請維修工程師檢查，必要時更換檢測器(檢測器損壞很有可能是由于受潮引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，對于MCT檢測器可添加液氮再重新檢查；
4.請維修工程師檢查，必要時更換分束器(分束器損壞很可能是由于受潮引起或更換時碰撞產生裂痕引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，從儀器上取出或裝入時一定要非常小心)；
5.請維修工程師清洗；
6.重新設置光闌孔徑或信號增益倍數，使之處于適當值；
7.取下光路中的衰減器。
(2)光學臺未能工作，不能產生干涉圖
可能原因：
1.分束器未固定好或已損壞；
2.計算機與光學臺未能連接；
3.控制電路板損壞；
4.光譜儀輸出電壓不正常；
5.操作軟件有問題；
6.光譜儀室溫度過高或過低；
7.檢測器已損壞；
8.激光器不工作或能量已較大衰減。
排除方法：
1.重新固定分束器，如分束器已損壞，請維修工程師檢查，必要時更換分束器(分束器損壞很有可能是由于受潮引起或更換時碰撞產生裂痕引起，應注意保持儀器室的干燥，從儀器上取出或裝入時一定要非常小心)；
2.檢查計算機與光學臺連接口，鎖緊接口，重新啟動光學臺和計算；
3.與維修工程師聯系，或請維修工程師檢査，必要時更換控制電路板(更換后，要再次檢査穩壓電源工作效率和儀器室電源有無問題)；
4.檢査光譜儀面板上指示燈，有自診斷程序可啟動診斷，檢查輸出電源是否正常，排查故障原因，并與維修工程師聯系處理方法；
5.重新安裝操作軟件；
6.過空調調控室溫；7.更換檢測器；
8.檢查He-Ne激光器工作是否正常，及時請維修工程師維修。
(3)干涉圖能量過高，導致溢出
可能原因：
1.光闌孔徑太大或信號増益倍數太高；
2.動鏡移動速度太慢。
排除方法：
1.重新設置光闌孔徑或信號增益倍數，使之處于適當值；
2.重新設置動鏡移動速度。
(4)干涉圖不穩定
可能原因：
1.控制電路板損傷或疲勞；
2.所使用的MCT檢測器真空度降低或窗口有冷凝水：
3.測量遠紅外區時樣品室氣流不穩定。
排除方法：
1.請維修工程師檢查維修：
2.對MCT檢測器重新抽真空；
3.待樣品室氣流穩定后再測試。