（一）基礎資料收集
1、水體的水文、氣候、地質和地貌資料。如水位、水量、流速及流向的變化；降雨量、蒸發量及歷*的水情；河寬、河深、河床結構及地質狀況等。
2．水體沿岸城市分布、工業布局、污染源及其排污情況、城市給排水情況等。
3．水體沿岸水資源現狀及用途。如飲用水源分布和重點水源保護區，水體流域土地功能及近期使用計劃等。
4．歷年水質監測資料、水文實測資料、水環境研究成果等。
（二）監測斷面和采樣點的設置
1、監測斷面的布設原則。
2．監測斷面設置。
（1）河流監測斷面設置。
（2）湖泊（水庫）監測斷面設置。
3．采樣位置的確定
（1）在對調查研究結果和有關資料進行綜合分析的基礎上，監測斷面的布設應有代表性，即能較真實、全面地反映水質及污染物的空間分布和變化規律；根據監測目的和監測項目，并考慮人力、物力等因素確定監測斷面和采樣點。
（2）有大量廢水排入河流的主要居民區、工業區的上游和下游。較大支流匯合口上游和匯合后與干流充分混合處，入海河流的河口處，受潮汐影響的河段和嚴重水土流失區。湖泊、水庫、河口的主要入口和出口。河流出入國境線的出入口處。
（3）飲用水源區、水資源集中的水域、主要風景游覽區及重大水力設施所在地等功能區。
（4）斷面位置應避開死水區及回水區，盡量選擇河段順直、河床穩定、水流平穩、無急流淺灘處。
（5）應盡可能與水文測量斷面重合；并要求交通方便，有明顯岸邊標志。
（三）采樣時間與采樣頻率的確定
（1）飲用水源地：全年采樣不少于12次，采樣時間根據具體情況選定。
（2）河流：較大水系干流和中、小河流全年采樣不少于6次，采樣時間為豐水期、枯水期和平水期，每期采樣兩次。流經城市或工業區，污染較重的河流、游覽水域，全年采樣不少于12次。采樣時間為每月一次或視具體情況選定。
（3）排污渠：全年采樣不少于3次。
（4）底泥：每年在枯水期采樣一次。
（5）背景斷面：每年采樣一次。在污染可能較重的季節進行。
（6）潮汐河流：全年按豐、枯、平三期，每期采樣2天，分別在大潮期和小潮期進行，每次應當在當天漲潮、退潮時采樣，并分別加以測定。漲潮水樣應當在各斷面漲平時采樣，退潮時也應當在各斷面退平時采樣，若無條件，小潮期可不采樣。
（7）湖泊、水庫：設有專門監測站的湖、庫，每月采樣不少于1次，全年不少于12次，其他湖、庫每年采樣2次，枯、豐水期各一次。有廢水排入、污染較重的湖、庫，應酌情增加采樣次數。
（四）采樣及監測技術的選擇
要根據監測對象的性質、含量范圍及測定要求等因素選擇適宜的采樣、監測方法和技術。
（五）結果表達、質量保證及實施進度計劃
對監測中獲得的眾多數據，應進行科學地計算和處理，并按照要求的形式在監測報告中表達出來。質量保證概括了保證水質監測數據正確可靠的全部活動和措施。質量保證貫穿監測工作的全過程。實施進度計劃是實施監測方案的具體安排，要切實可行，使各環節工作有序、協調地進行。