醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
一般醫院污水處理采用生化滅菌法：
污水—→格柵—→調節池—→*生化池—→O級生化池—→沉淀池—→消毒池—→排放
小型醫療廢水處理工藝：
沉淀+臭氧消毒+過濾=達標排放
沉淀+紫外線消毒+過濾=達標排放
沉淀+二氧化氯消毒+過濾=達標排放
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