小型生物制藥污水處理設備的處理工藝流程可分為三部分：廢水生物及物化處理部分、污泥處理部分以及沼氣處理和利用部分。
    廢水經廠區排水管道排入現有車間外的貯水池中，然后由泵提升至pH值調節槽，調節pH值后自流進入調節池，進行水質、水量的調節；然后由調節池內的提升泵提升至高效厭氧內循環反應池進行厭氧處理；厭氧出水自流排入一級脫氮單元，一級脫氮單元由一級反硝化池、一級硝化池和脫氮池組成；一級脫氮單元出水自流進入二級脫氮單元，二級脫氮單元由二級硝化池（膜池1）與二級反硝化池組成；二級脫氮單元出水由膜抽吸泵送入混凝反應池，采用化學法對磷和膠體性有機物進行去除，混凝反應出水經膜過濾和脫色達標排放。
    小型生物制藥污水處理設備運行情況：
    高效厭氧反應對廢水中有機物的去除效率較高，其出水中所含的有機物基本為不易生物降解或不可生物降解物質，用活性污泥法或生物膜法對其處理效果較差，本工藝中采用膜生物反應器（MBR）工藝，可以保持較高的污泥濃度，SRT與HRT分離，有利于在系統中截留長泥齡的特異性降解微生物，使厭氧出水中難降解有機物得以去除。
    厭氧反應對總氮及氨氮基本沒有去除效果，而原水中又含有較高濃度的總氮和氨氮，因此在工藝的選擇上配置了兩級脫氮系統，并應用短程硝化反硝化進行高效脫氮，使得原水中的氨氮與總氮都得到有效的去除。