醫院污水來源及成分比一般生活污水排放情況復雜很多，同工業廢水一樣非常難以處理。醫院廢水中含有各種各樣病原微生物，并含有大量的傳染性病菌，如果不經醫院污水處理設備有效處理就隨意排放，就會成為擴散疾病的重要途徑，且污染環境較為嚴重，嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道，保護生態安全。
    醫院污水處理設備的流程工藝如下：
    我們都知道醫院所產生的污水中含有各類的消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。比如結核病類醫院所產生的污水，每升可檢驗出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。因此醫院廢水具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征。
    1.不同性質的醫院所產生的廢水性質有很大的不同，肝炎等類型的傳染病類病房或傳染類醫院所排放出來的醫療廢水，必須采用二級處理，并需要進行預消毒處理以后才可以排放。
    2.處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院，必須采用一級沉淀消毒處理和二級生化消毒工藝處理，當采用一級消毒處理流程時，醫院污水應與醫務工作人員及生活區污水、雨水分流。
    3.處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院需要采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
    4.對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。