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在各類工業(yè)廢水中，制藥工業(yè)廢水由于其特點常居難治理之列。并且，微生物藥物是復雜多樣的；可以以微生物菌體為藥品、以微生物酶為藥品、以菌體的代謝產物或代謝產物的衍生物作為藥品以及利用微生物酶特異性催化作用的微生物轉化獲得藥物等，包括微生物菌體、蛋白質、多肽、氨基酸、抗生素、維生素、酶與輔酶激素及生物制品等。由該類藥品的生產性質可知這類制藥廢水處理的難度。

與一般工業(yè)廢水相似，抗生素工業(yè)廢水處理設備也采用物化法和生物法進行處理。物化法包括化學混凝、強氧化劑氧化、陽極射線輻射、反滲透、焚燒、電解、萃取和離子交換等，主要用于廢水中可利用組分的回收、廢污泥的焚燒等；生物法包括好氧法和厭氧法，制藥廢水的好氧處理主要包括SBR、氧化溝、深井曝氣及接觸氧化法等。歐洲、美國、日本早在20世紀40年代就開始利用生化法處理青霉素廢水，因受當時處理技術的限制，到20世紀70年代處理制藥廢水幾乎全部采用好氧處理技術。抗生素廢水屬高濃度有機廢水，僅采用常規(guī)的好氧生物處理難以對COD達10000mg/L以上的廢水產生良好的效果。因此，需要用大量的清水或生活污水對抗生素廢水進行稀釋，消耗較大的動力，資金投入也較大。目前，國內外處理高濃度有機廢水主要是以厭氧法為主，用于抗生素廢水處理的厭氧工藝包括：上流式厭氧污泥床（UASB）、厭氧復合床（UFB）、一體式厭氧污泥床、厭氧折流板反應器（ABR）等。目前發(fā)達國家多采用較穩(wěn)妥但費用較高的混合稀釋好氧處理工藝。

厭氧生物處理技術在抗生素類制藥工業(yè)廢水處理設備中的成功應用，對抗生素廢水的生物處理起到了積極的推動作用，大大地降低了在廢水處理方面的工藝及技術難度。一般國內外對制藥廢水的終端治理采用生物處理技術或物化加生物聯合處理技術。制藥廢水總體上看污染物以有機物為主，雖含有難降解有機物和抑制微生物生長的物質，但一般經適當的預處理和菌種馴化，用生物法處理可得到良好的處理效果。