生物濾池正式運行之后，有一個掛膜階段，即培養生物膜的階段。在這個始運行階段，潔凈的無膜濾床逐漸長了生物膜，處理效率和出水水質不斷提高，進入正常運行狀態。當溫度適宜時，始運行階段歷時一般約一周。
處理含有毒有害物質的工業污水時，生物濾池的運行要按設計確定的方案進行。一般說來，這種有毒有害物質正是生物濾池的處理對象，而能分解氧化這種有毒有害物質的微生物常存在于一般環境中，無需從外界引入。但是，在一般環境中，它們在微生物群體中并不占優勢，或對這種有毒有害物質還不太適應，因此，在濾池正常運行前，要有一個讓它們適應新環境，繁殖壯大的始運行階段，這個階段被即為“馴化-掛膜階段。
那么，馴化-掛膜的方式有哪些呢？
工業污水生物濾池馴化-掛膜有兩種方式：一種方式是從其他工廠污水站或城市污水廠取來活性污泥或生物膜碎屑（取自二次沉淀池）進行馴化-掛膜。可以把取來的數量充足的污泥同工業污水、清水和養料（生活污水或培養微生物用的化學品）按適當比例混合后淋灑生物濾池，出水進入二次沉淀池，并以二沉池作為循環水池，循環運行。當濾床明顯出現生物膜跡象后，以二次沉淀池出水水質為參考，在循環中逐步調整工業污水和出水的比例，直至出水正常。
另一種方式是用生活污水與城市污水，回流出水替代部分工業污水（必要時投加養料）進行運行。運行過程中，把二次沉淀池中的污泥不斷回流到濾池的進水中。在濾床明顯出現生物膜后，以二次沉淀池出水水質為參考，逐步降低稀釋用水流量和增加工業污水量，直至正常運行。
