污水濕地處理的運行管理主要包括設備管理、設施管理、濕地(床)管理和水質監控四個方面。其中設備運轉、設施維護與其他污水處理廠的運行管理基本相同。濕地(床)管則主要是濕地植物的管理。以下著重說明蘆葦的管理。
1.蘆葦管理
(1)種植和生長管理
選擇適合當地生長的優良品種，保留兩個完整根節為二段，間隔2m栽植。種植季節通常選擇在清明前后(氣溫在10℃以上)。種植后澆水保持濕度，待發芽長高后不斷提高水深，以不淹沒芽頂為限。為促使根系發育和主根扎深，應周期性停水曬田。
(2)收割
蘆葦每年收割一次，收割可將成熟的蘆葦連同吸收的營養物和其他成分從濕地田中移出，促使蘆葦生根和維持下年度生長和吸收、凈化污水中污染物的作用。收割前應停止進水使地面干燥，還要及時清理落下的殘枝敗葉，并平整士地，鏟除凸起部分，填平溝道。收割時應保持留下的蘆葦茬在20～30cm，便于冬季運行時支持冰面，也有利于春季發芽生產。
(3)病蟲害防治
天然濕地是近年來環境保護的熱點，它們對于緩沖暴雨徑流水量、調節氣候和提供生物棲息地、降解多種污染物具有重要作用。但人工濕地規模小、平衡能力弱，易發生植物病蟲害問題，特別是在濕地運行初期應注意采取相應防治措施。
2.日常運行管理
北方地區春季干旱少雨，蒸發量大，蘆葦處于發芽和幼苗期，應及時調控進水，防止水量過大淹沒葦芽或水量過小形成鹽分濃縮傷害苗期發育。
夏季氣溫高，濕地田前積累的污泥因分解快和供氧不足產生惡臭。如進水有機物濃度較高，可采取出水回流提高流速，沖刷前部積泥，増大前部水深，減輕惡臭問題。
夏、秋季發生暴雨時，注意調節進水量和保持濕地中水流流速在Zui大設計流速范圍內，防止因過度沖刷破壞處理田土層。
化方冬季氣溫低，會影響處理效果。宜在初凍時加大水深，當表面結冰后，蘆葦茬支撐冰面，污水在冰下流動。多數情況下，由于污水溫度較高，濕地并不結冰或只有濕地后部結冰，應根據監測結果對運行加以調控。
