醫務室污水處理設備工藝的具體思路如下：
①預處理：
首先通過格柵攔截，主要作用是去除污水中較大的懸浮或漂浮物，以減輕后續水處理工藝的處理負荷，并起到保護水泵、管道、儀表等作用。接著由提升泵定量提升至調節池進行水質水量的調節。
②二級處理：
經調節后的污水通過生物接觸氧化法及MBR進行二級處理。
在生化處理系統中利用生物膜的作用使有機污染物首先轉化為氨氮，同時通過好氧硝化和缺氧反硝化過程既去除有機物又去除了氨氮。生化池配以新型的高密型彈性立體填料，該填料具有負荷高、施工簡易、體積小、運行穩定可靠、管理方便、維修更換方便等優點。
污水經生化處理后進入MBR膜池進行固液分離，污泥部分經污泥回流進入缺氧池進行脫氮除磷，上清液經溢流流入中間水池。
③消毒處理
污水進入消毒池，進行消毒處理，經消毒處理后能確保污水經處理后各項指標全部達標。
④污泥處理
沉淀池污泥回流后的剩余污泥經簡單的濃縮消化，然后定期外運。
醫院污水特別是方艙醫院污水其污水水質性質和生活污水差不多，不同就是污水內可能菌群超標，需要在污水處理設備末尾的消毒工藝上適當延長污水消毒時間，醫務室污水處理設備運行模式為全自動運行模式，可以去除污水當中的COD、BOD、氨氮、大腸桿菌等污染物。
為達到中出水水質要求，本污水處理工藝包含預處理（格柵、調節池）、二級處理（生化+MBR池）、消毒等環節。
加強處理效果的一級強化處理適用于處理出水進入二級處理城市污水處理廠的綜合醫院。二級處理工藝適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院污水處理。
