消毒工藝是醫療結構污水處理的重要的環節，現在使用的消毒劑主要是氯系(次氯酸鈉、二氧化氯等)、臭氧以及紫外，其中多為次氯酸鈉和二氧化氯消毒工藝。
鄉鎮醫療廢水污水處理設備特點
1、操作簡單，管理方便，運行可靠；
2、可將設備埋于地表下，設備上方可用來進行綠化，環境美觀，減少占地面積；
3、整個醫院廢水處理設備處理系統完善，運行安全可靠，平時一般不需要專人管理，只需適時地對設備進行維護和保養，管理費用小；
4、抗沖擊負荷的能力強，出水水質穩定，污泥產量少且易于處理；
5、不受污水量的限制，機動靈活，可單個使用，也可多個聯合使用；
鄉鎮醫療廢水污水處理設備工藝流程
根據我國醫院的現有處理設施的運行效果等，在《醫院污水處理設計規范》中根據不同排放去向的不同排放要求，歸納總結了成熟的處理工藝，包括一級處理工藝、二級和深度處理。一級處理工藝包括：“化糞池+格柵+(調節池)+(沉淀)+消毒池”，根據實際情況適當設置調節池和沉淀池，根據水力條件決定是否設置提升系統，一級處理工藝僅適用于排放到有污水處理廠的下水道。二級處理工藝：“化糞池+格柵+調節池+生物處理+沉淀+消毒池”，具體的生物處理工藝多種多樣，例如SBR、普通活性污泥法、生物膜法以及各種變形工藝。深度處理工藝：是在二級處理的基礎上增加投藥過濾處理單元，后消毒后排放。
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