生物質燃燒機使用期間，必須定期排除才能確保其安全運行，不過這里的排污工作也是有講究的，如果不注意的話不僅無法*的排污，甚至還有可能會對生物質燃燒機造成負面影響。
 
 在開始生物質燃燒機的排污工作之前，先要將其水位調至稍微高于正常水位線狀態，且排污管內不應該有流動的聲音；可以用手觸摸排污閥以外的排污管道，如果感到溫度較高，則說明排污閥有泄漏情況，應及時檢查，查明原因后在進行消除。
  
 而且生物排污工作就需要經常性、均勻性的進行，可以同時有多根排污管，必須對每一根排污管輪流進行排污工作。如果只對其中一部分的排污管進行排污，而另一部分不進行排污的話，會因堵塞而導致水循環破壞。
 
 生物質燃燒機在進行排污工作時，要求在壓火之后進行或者負荷低時進行，因為此時設備中的水循環相對比較緩慢，管道內的污垢也容易堆積，從而得到排污效果將會更好，同時還不會對生物質燃燒機造成影響。
 
 另外，生物質燃燒機內的排污操作應在短促狀態下進行，也就是每次排污時間間隔短，多次重復，這樣有利于污垢迅速向排污口進行回合，從而可以集中性的排出。