制藥工業廢水通常屬于較難處理的高濃度有機廢水之一，處理方法有生物處理技術、物化處理技術、化學處理技術以及多種方法的組合處理等,各種處理技術具有各自的優勢也存在不足。

　　生物處理技術是目前制藥廢水廣泛采用的處理技術，其中活性污泥是比較成熟的技術之一。采用生物處理技術消除有機污染物是為經濟的方式，大體上包括好氧生物法、厭氧生物法、好氧-厭氧等組合方法。

　　好氧生物處理:由于制藥廢水大多是高濃度有機廢水,進行好氧生物處理時一般需對原液進行稀釋,因此動力消耗大,且廢水可生化性較差,很難直接生化處理后達標排放,所以單獨使用好氧處理的不多,一般需進行預處理。常用的好氧生物處理方法包括活性污泥法、加壓生化法、深井曝氣法、生物接觸氧化法、生物流化床法、氧化溝法。

　　厭氧生物處理:目前國內外處理高濃度有機廢水主要是以厭氧法為主,但經單獨的厭氧方法處理后出水COD仍較高,一般需要進行后處理(如好氧生物處理)。目前仍需加強厭氧反應器的開發設計及進行深入的運行條件研究。在處理制藥廢水中應用較成功的有復合式厭氧反應器、上流式厭氧污泥床反應器、厭氧膨脹顆粒污泥床反應器等。