水處理設備常見的消毒方式有：巴氏消毒、臭氧消毒、化學消毒（消毒水）。

       臭氧消毒：臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體和芽孢、病毒、真菌等，并可破壞肉毒桿菌毒素。臭氧殺菌機制為通過氧化作用破壞微生物膜的結構而實現殺菌效果。臭氧首先作用于細胞膜，使膜構成成分受損傷而導致新陳代謝障礙。臭氧繼續滲透穿透膜并破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。臭氧滅活病毒機制為通過氧化作用破壞病毒核糖核酸(RNA)或脫氧核糖核酸(DNA)。

       巴氏消毒：是指將液體加熱到一定溫度并持續一段時間，以殺死可能導致疾病、變質或不需要的發酵微生物的過程。巴氏消毒有兩個主要功能：①用于純化水系統中的活性炭等預處理單元的周期性消毒，RO/EDI單元的周期性消毒，以及儲存與分配管網單元的周期性消毒；②用于注射用水系統正常運行時的微生物抑制。

       化學消毒：化學消毒是指用化學藥物作用于微生物和病原體，使其蛋白質變性，失去正常功能而死亡。目前常用的有含氯消毒劑、氧化消毒劑、碘類消毒劑、醛類消毒劑、雜環類氣體消毒劑、酚類消毒劑、醇類消毒劑、季胺類消毒劑等。

       常見的滅菌方式有：純蒸汽滅菌、過熱水滅菌、化學劑滅菌（檸檬酸、草酸等）。

       純蒸汽滅菌：指利用高溫（121℃）高壓蒸汽進行滅菌的方法。由于純蒸汽的穿透力強，蛋白質、原生質膠體在濕熱條件下容易變性凝固，酶系統容易被破壞，蒸汽進入細胞內凝結成水，能放出潛在熱量而提高溫度，更增強了殺菌力。

       過熱水滅菌：指利用高溫（121℃）高壓(參照下圖)過熱水進行滅菌的方法。與純蒸汽殺菌一樣，過熱水能使蛋白質、原生質膠體在濕熱條件下變性凝固，酶系統被破壞，可殺死一切微生物，包括細菌的芽孢，真菌的孢子或休眠體等耐高溫的個體。

       化學劑滅菌：化學滅菌法是指用化學藥品直接作用于微生物而將其殺死的方法。

       紫外線殺菌（UV): 紫外線是通過減慢系統中新的菌落生長速度而影響生物膜的生成，但是這只對浮游微生物部分有效。用于殺菌的紫外線燈管波長（253.7nm)，紫外線主要有殺菌、降解TOC(總有機碳)(用于降解TOC的紫外線燈管波長185nm）和破除臭氧等三個作用。