純化水與注射用水二者的區別還在于制水工藝，純化水的制備工藝可以有各種選擇，但各國藥典對注射用水的制備工藝均有限定條件，如美國藥典明確規定注射用水的制備工藝只能是蒸餾及反滲透，中國藥典則規定注射用水的生產工藝必須是蒸餾。這些是各國根據本國的實際情況用以保證注射用水質量的必要條件。

　　制藥用水制備方法選定原則制藥用水系統除控制化學指標及微粒污染外，必須有效地處理和控制微生物及細菌內毒素的污染。純化水系統可采用反滲透，而注射用水系統則更多地使用蒸餾法，蒸餾水機往往是純化水系統分配循環回路(用水回路)中的主要用水點。

　　從制藥用水源水的選擇上，美國藥典有較大的靈活性，按其規定，注射用水可以由飲用水經蒸餾或反滲透制得，并不要求企業必須用純化水為源水來制備注射用水。當然美國的飲用水標準與中國的并不相同。專家們認為，美國藥典的這種靈活性賦予了“條款”廣泛的適用性，從其對制藥用水系統的論述看，它對水質的控制絕不局限于以往的項目及指標上，而且延伸到了系統的設計、建造、驗證及運行監控等各個方面。

　　國內注射用水均采用蒸餾法，這當然與國內反滲透器的質量現狀有關。應當指出，不同的蒸餾水機對源水要求不同，不同型號的蒸餾水機，由于性能上的差異，它們可以分別以純化水、去離子水、深度軟水為源水，制備得到符合標準的注射用水。

　　另一方面，以符合飲用水標準的水為源水來制備純化水，或以符合標準的純化水來制備注射用水，并不一定能保證出水達到規定的標準，這與所選用設備的性能相關。還應當指出，源水的水質必須監控，取水點應盡可能避開污染源。