醫院污水處理的綜合性質與一般的生活污水相似，但比生活污水所含的化學成分更為復雜，比較突出的是醫院污水中含有大量的細菌和病原菌，由于醫院人均排水量大于城市生活污水排水量，所以醫院污水中的有機物指標BOD、COD一般比城市生活污水要低。以前執行的《醫院污水排放標準》主要要求對醫院污水進行殺菌消毒處理。
醫院大部分在城區，醫院的污水一般經處理后排入城市下水道，由于我國的城市污水處理率很低，大部分城市污水經管道匯合后，又排入不同的水體，只有很少一部分排入城市污水處理廠進行處理。所以醫院污水處理的要求取決于所排污水的去向而定，一般來說，直接或間接排入水體的綜合醫院污水應達到《醫療機構水污染物排放標準》（GB18466-2005）中的排放標準，排入管網末端有污水處理廠的綜合醫療污水執行《醫療機構水污染物排放標準》（GB18466-2005）中的預處理標準。
醫院特殊污水需經過如下處理后，方可排入醫院污水處理系統：
1、低放射性廢水應經衰變池處理；
2、洗相室廢水應回收銀，并對廢液進行氯化氧化處理；
3、口腔科含汞廢水應進行除汞處理。
4、檢驗室廢水應根據使用化學品的性質單獨收集，單獨處理，如血液、血清、細菌和化學分析中產生的含氰廢水采用堿式氧化；含鉻廢水需要先還原再加堿化學沉淀。
5、食堂含油廢水應設置隔油池處理。
6、門診、傳染病房污水需要經過消毒池。
醫院的綜合污水需要進入處理設施處理，排放水經消毒后才能排放，排放標準需要遵守當地的環保要求。污泥也需要消毒。廢氣主要是通過活性炭吸附。
