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1、全過程控制原則
對實驗室各類廢水的產生、處理、排放的全過程應進行控制。
2、減量化原則
嚴格要求實驗室廢水處理管理體系，在廢水和污染物發生原處進行嚴格控制和分離，將各類廢水進行分類收集、源頭控制、清污分流。嚴禁將實驗室廢水直接排入下水道。
3、分類指導原則
根據實驗室不同性質、規格、廢水排放去向以及排放要求對實驗室廢水進行分類指導。
4、達標與風險控制相結合原則
全面考慮不同實驗室所產生廢水達標排放的基本要求，同時加強風險控制，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性時間的能力。
5、生態原則
有效去除廢水中有害物質，較少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境。
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