生物實驗室產生的廢液污染主要是化學性污染和生物性污染，另外還有放射性污染。

化學性污染包括有機物污染和無機物污染。有機物污染主要是有機試劑污染和有機樣品污染。在大多數情況下，實驗室中的有機試劑并不直接參與發生反應，僅僅起溶劑作用，因此消耗的有機試劑以各種形式排放到周邊的環境中，排放總量大致就相當于試劑的消耗量。日復一日，年復一年，排放量十分可觀。有機樣品污染包括一些劇毒的有機樣品，如苯并(α)芘、亞硝胺等。無機物污染有強酸、強堿的污染，重金屬污染等。其中汞、砷、鉛、鎘、鉻等重金屬的毒性不僅強，且有在人體中有蓄積性。

生物性污染包括生物廢棄物污染和生物細菌毒素污染。生物廢棄物有檢驗實驗室的標本，如血液、尿、糞便、痰液和嘔吐物等；檢驗用品，如實驗器材、細菌培養基和細菌陽性標本等。生物實驗室的通風設備設計不完善或實驗過程個人保護漏洞，會使生物細菌毒素擴散傳播，帶來污染，甚至帶來嚴重不良后果。2003年非典流行肆虐后，許多生物實驗室加強對SAS病毒的研究，之后報道的非典感染者，多是科研工作者在實驗室研究時被感染的。

在對這些污染處理的時候，需要注意以下幾個方面：
廢液的濃度超過規定的濃度時，必須進行處理。但處理設施比較齊全時，往往把廢液的處理濃度限制放寬。
先將廢液分別處理，如果是貯存后一并處理時，雖然其處理方法將有所不同，但原則上要將可以統一處理的各種化合物收集后進行處理。

處理含有絡離子、螯合物之類的廢液時，如果有干擾成份存在，要把含有這些成份的廢液另外收集。