(1)試劑儲備區

該區域主要完成試劑和主反應混合液的儲存、配制和封裝工作。所有運送到該區域的試劑和材料不應經過其他區域，試劑和原材料應在本區內儲存和制備。本區域的氣壓應相對外界保持正壓。該區域的設備主要是冰箱、天平、混勻器、低速離心機、加樣器、可移動紫外燈等。由于該區域有多種試劑，所以“”應是平面設計首要考慮因素，平面設計時應保持通風流暢、逃生暢通。首先，實驗臺布置在房間的兩側，中間的過道全部通向走廊便于疏散。同時根據人體工程學的標準，實驗臺與實驗臺通道設計為1500mm，中間的通道可滿足兩邊坐人中間過人的要求。

(2)標本制備區

該區域的功能是樣本的保存、核酸提取和貯存、樣本加入擴增反應管和測定DNA的合成。樣本應直接運送至該區并儲存在本區內，不得經過其他區域。對于氣流壓力的控制，由于在本區內加樣操作可能產生氣溶膠，為避免氣溶膠擴散出去對外界造成污染，本區應對外界保持負壓;同時本區相對于擴增反應混合物配制和擴增區以及擴增產物分析區為正壓，以避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。

該區域的設備主要是生物柜、加樣器、臺式高速離心機、臺式低速離心機、水浴鍋、冰箱、混勻器和可移動紫外燈等。其中需要注意的是，生物柜選用B2型，這種生物柜所有的吸入氣流和垂直氣流都經過過濾器過濾后排到室外，不再進入生物柜循環或者返回該區域，這種生物柜可避免提取核酸在柜內反復循環，造成標本之間交叉“污染”，出現假陽性結果。

(3)擴增區

該區域的功能是DNA擴增和擴增片段的測定。此外，反應混合液(來自試劑貯存和制備區)制備成反應混合液和已制備的DNA模板(來自標本制備區)的加入等也可在本區內進行。對于氣流壓力的控制，相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區內不必要的走動。個別操作如加樣等應在超凈臺內進行。

該區域的設備主要是核酸擴增熱循環儀、加樣器、超凈臺等。其中熱循環儀的電源應，并配備一個穩壓電源或UPS，以防止由于電壓的波動對擴增測定的影響。

(4)分析區

該區域的功能是擴增產物的分析。該區域可能會用到某些可致基因突變的有毒物質，應特別注意實驗人員的防護。對于氣流壓力的控制，該區域是PCR實驗的zui后一步，壓力應較低，相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區內的不必要的走動。

該區域的設備主要是加樣器、電泳儀(槽)、電轉印儀、雜交爐或雜交箱、水浴箱、DNA測序儀、酶標儀和洗板機等。