對于種子計數工作來說，傳統的計數方式存在效率低下的弊端，因此現在多是使用效率更高的自動種子計數器。
在種子的品種選育過程中，對種子的計數是*的內容。而如果在計數工作上耽誤大量的時間，或者是因為種子計數不準確，都會影響試驗的進行，因此現代研發的自動種子計數器主要目的就是避免這些為題對于品種選育工作的影響，從而為現代農業工作作出一份貢獻。
而在種子的發芽率測定試驗中，自動種子計數器也有重要的應用，比如種子發芽率大于95%，并不是說100顆種子一定發芽多于95顆種子！這里所謂的發芽率大于95%，是指用大量種子做大量實驗時，發芽的種子占總種子的百分比。而要對這些大量中字技術，很明顯人工計數的方式是非常吃力而且落后的，這個時候就需要用到自動種子計數器。
而且現在的自動種子計數器與以往的種子計數器相比，在技術上又上升了一個臺階，它是根據圖像識別原理并且能實現自動分析，統計報表。 在現代，廣泛應用于對種子測產及考種任務中。
