植物的根系是植物的根本，因此一旦根受到傷害，就很有可能導致植物死亡，因此植物根系的分析在現代植物生理研究中變得越來越重要，而植物根系分析系統就是專用于植物根系分析的系統工具。
在植物根系分析系統的使用中，為了提高測定數據的準確性，需要注意以下幾個事項：
1、圖像的清晰程度直接影響測量結果的精度，由于是人眼識別圖象中的所有根，根毛掃描的是否清晰，根毛能否參加計算。
2、由于圖象中的所有根是人手動選擇的，這樣鼠標的起始和結束可能會帶來的誤差，這也會影響測量精度。
3、根管的預埋位置和時間也是對測量結果有影響的，埋設位置決定了要具體研究哪個根，所有根是否恰好在根管周圍；埋設時間是根管周圍根的長勢如何，是否能掃描到一幅清晰的圖象，直接影響測量結果。
4、根據掃描器在根管中的平衡特性，在正常使用中，使根管與地表面垂直埋設。可能在儀器的初始時候還不是非常明顯，如果儀器是用了很久的，機械部件受力已經不平衡，則我們會發現掃描出的圖象部分會發生失真，這時會給我們的測量造成誤差
