自動計數系統和種子數粒儀都是用于種子計數的儀器，但是它們的區別在于它們的工作原理。
自動計數系統的工作原理是采用圖像識別算法計算種子數量。它主要的工作部件是背光裝置和嵌入式軟件，而軟件采用的是*的圖像處理技術，根據距離變換原理、形態學、凹點切分等技術綜合設計的一款嵌入式軟件。因此在工作方式上，種子計數器與種子數粒儀也有區別，比如自動計數系統主要是通過拍照的方式來計數，而種子數粒儀則是通過振動，使種子逐粒排隊送料，落入光電轉換槽后形成光電脈動，經放大整形倒相后送入計數電路，以LED數碼管顯示讀數。
自動計數系統與種子數粒儀在工作方式上大不相同，而在應用上也是有所區別的，比如，自動計數系統主要應用在農業領域的田間種子測產及考種任務，并且實現自動分析，統計報表。而種子數粒儀可對各種主要糧食作物，如稻、麥、高粱玉米等顆粒進行自動計數，在農科院（所）農業大專院校、種子系統，糧食部門中、考察種子指標，測量千粒重有廣泛應用。
雖然自動計數系統與種子數粒儀都是用于農業領域，但是在用途上還是有所區別的，所以如果需要這樣一款種子計數儀器，是根據自己的需要來選擇。
