氣相色譜儀的基本結構中由進樣隔墊、玻璃襯管、氣體過濾器、檢測器這四項構成。
 
進樣隔墊一般為硅橡膠材料制成，一般可分普通型、型和高溫型三種，普通型為米黃色，不耐高溫，一般在200℃以下使用；型可耐溫到300℃；高溫型為綠色，使用溫度可高于350℃，至色譜柱zui高使用溫度的400℃。正因為進樣隔墊多為硅橡膠材料制成，其中不可避免地含有一些殘留溶劑和/或低分子齊聚物，另外由于汽化室高溫的影響，硅橡膠會發生部分降解，這些殘留的溶劑和降解產物如果進入色譜柱，就可能出現“鬼峰”（即不是樣品本身的峰），從而影響分析。解決的辦法有：一是進行“隔墊吹掃”，二是更換進樣隔墊。
一般更換進樣隔墊的周期以下面三個條件為準：
出現“鬼峰”；
保留時間和峰面積重現性差；
手動進樣次數70次，或自動進樣次數50次以后。

玻璃襯管：氣相色譜儀的襯管多為玻璃或石英材料制成，主要分成分流襯管、不分流襯管、填充柱玻璃襯管三種類型。襯管能起到保護色譜柱的作用，在分流/不分流進樣時，不揮發的樣品組分會滯留在襯管中而不進入色譜柱。如果這些污染物在襯管內積存一定量后，就會對分析產生直接影響。比如，它會吸附極性樣品組分而造成峰拖尾，甚至峰分裂，還會出現“鬼峰”，因此一定要保持襯管干凈，注意及時清洗和更換。
玻璃襯管清洗的原則和方法
當以下現象：
出現“鬼峰”；
保留時間和峰面積重現性差出現時，應考慮對襯管進行清洗。
清洗的方法和步驟如下：
拆下玻璃襯管；
取出石英玻璃棉；
用浸過溶劑（比如丙酮）的紗布清洗襯管內壁。 玻璃襯管更換時要注意玻璃棉的裝填：裝填量3～6mg，高度5～10mm。要求填充均勻、平整。

氣相色譜儀中氣體過濾器：變色硅膠可根據顏色變化來判斷其性能，但分子篩等吸附有機物的過濾器就不能用肉眼判斷了，所以必須定期更換，一般3個月更換或再生一次。
由于分流氣路中的分子篩過濾器飽和或受污嚴重，就會出現基線漂移大的現象，這個時候就必須更換或再生過濾器了。
再生的方法是：
卸下過濾器，反方向連接于原色譜柱位置。
再生條件：載氣流速40～50ml/min，溫度340℃，時間5h。

氣相色譜儀中檢測器：如果說色譜柱是色譜分離的心臟，那么，檢測器就是色譜儀的眼睛。無論色譜分離的效果多么好，若沒有好的檢測器就會“看”不出分離效果。因此，高靈敏度、高選擇性的檢測器一直是色譜儀發展的關鍵技術。
目前，GC所使用的檢測器有多種，其中常用的檢測器主要有火焰離子化檢測器（FID）、火焰熱離子檢測器（FTD）、火焰光度檢測器（FPD）、熱導檢測器（TCD）、電子俘獲檢測器（ECD）等。