流域水環境污染防治是一項系統工程，涉及工業源、生活源和農業源等綜合治理。《規劃》是指導各地“十三五”期間開展農村污水處理環境綜合整治的指導性文件，對改善農村人居環境質量、促進流域水環境質量改善具有重要意義。為推動《規劃》目標任務落地，結合農村環保工作存在的突出問題，提出以下建議。
一是流域水污染防治規劃或方案要與《規劃》相銜接。各地編制規劃或方案時，要將農村污水處理環境綜合整治作為農村污水處理非點源污染治理的重要抓手。圍繞《規劃》確定的重點整治區域，結合化肥使用量零增長行動等農業非點源治理工作，協同推進流域農村污水處理非點源污染治理。
二是統籌縣域農村產業發展與有機廢棄物資源化利用。縣級人民政府作為農村環境保護的責任主體，一方面要科學評估縣域農村有機垃圾、畜禽養殖糞便、農作物秸稈等產生量和空間分布情況，合理配置垃圾分類轉運處理設施、糞便資源化利用和治理設施、秸稈綜合利用設備和設施等；另一方面，要把脈縣域自然資源和地理區位優勢，以縣為單元，推廣農牧結合、種養結合、生態循環的發展模式，大力發展有機綠色循環農業，打造區域特色名優農產品。
三是創新農村污水處理環境基礎設施建設運營模式。探索更加靈活的措施鼓勵社會投資，鼓勵多種形式的項目捆綁招商。以縣(市、區)為單元，將全縣或鄉鎮農村污水處理收集和處理、垃圾處理項目按行業統一捆綁招商；將新建城鎮農村污水處理或垃圾處理項目與鄉鎮生活污水或垃圾處理項目捆綁招商；鼓勵政府采用委托專業化污水或垃圾處理企業代建并統一委托運營的模式，實行專業化建設運營；各地在小城鎮綜合開發、土地開發、旅游開發、特色產業經營等項目招商中可將農村污水處理和垃圾處理項目一并捆綁。
四是強化農民在農村污水處理非點源治理中的主體地位。尊重農民意愿，方便生產生活，與促進農民創業就業和增收相結合。建立農村污水處理非點源治理自下而上的民主決策機制，推行項目規劃、建設、管理的“村民議村民定、村民建村民管”的實施機制。完善村務公開制度，推行項目公開、合同公開、投資額公開。結合生態農業建設、化肥使用量零增長行動、耕地質量保護與提升行動、土壤有機質提升獎勵政策等，引導農民增施有機肥。
