(1)沉淀法沉淀法是指向廢水中加入某些化學物質，與廢水中的污染物發生化學反應，從而產生沉淀，分離、濾除雜質以到達凈化的作用。與吸附法相比兩者都具有沉淀的作用，但沉淀法是一個產生化學變化的方法，其中為關鍵的就是盡量減少新物質的引入，如廢水中的砷一般與鋁鹽沉淀劑(一般為硫酸鋁、硝酸鋁等)反應生成AlAsO3、AlAsO4等化合物沉淀。王莘淇使用磷酸銨鎂沉淀法處理廢水，研究表明在適宜的pH環境下清除PO43-達90%，清除NH4+達15%，投加晶種后清除率可提高20%。沉淀法操作簡單，而且所需成本不高，但是由于沉淀物的處理方法過少，分離后有可能造成二次污染。
(2)氧化法氧化法是指利用一些金屬離子在某價態時不穩定，加入某些氧化劑將其氧化成穩定價態從而使其沉淀并濾除。此法安全性強，但有些氧化劑的價格較高，且選擇面較窄，提高了去污的成本，使用時綜合考慮。氧化法一般不單獨應用，常與沉淀法合用。在鄭春芳人在*制藥廢水研究中，主要使用了兩種方法，分別是氧化法與氧化-混凝沉淀法(沉淀劑為聚丙烯酰胺、聚合氯化鋁、氯化鋁)，這兩種方法對于COD的清除率分別為85%、35%，總清除率高達91.4%，實驗結果表明加入沉淀劑后清除率有較大的提高。采用高鐵酸鹽處理制藥廢水時發現:高鐵酸鹽為一種強氧化劑，除氧化作用外其對鐵離子還具有吸附絮凝的作用，實驗結果表明高鐵酸鹽直接處理廢水的效果不太理想，清除率僅為30%，如果用于生化處理出水時清除率可達33%，可使生化性得到些許改善。
(3)化學吸附法此方法是指污染物與吸附劑之間進行離子交換或電子轉移從而形成穩定的配位化合物?；瘜W吸附劑主要以離子交換樹脂、纖維素等為主?；瘜W吸附法主要是應用于某些重金屬及鹽的清除，如砷和鉛的清除中經常使用的是離子交換樹脂吸附劑。此法清除*，但是主要針對單一物質，運用范圍有所限制且成本較高。使用水介質分散型陽離子聚丙烯酰胺作為吸附劑對廢水進行初步處理，實驗結果表明使用后廢水浮渣明顯減少、水的清澈度提高，COD的清除率可達75.9%，SS的清除率達98.7%。
(4)氧化技術法(又稱深度氧化技術法，簡稱Fenton法)Fenton法是氧化法的一個延伸，是一種氧化技術，其原理是氧化劑與有機污染物發生反應使有機物的共軛結構破裂從而達到清除目的。目前，有超聲波Fenton法、電Fenton法、光Fenton法、微波Fenton法等應用于實際生產中，這些方法在處理有機制藥廢水時效果尤其顯著。蘇榮軍等使用Fenton試劑對磺胺甲惡唑廢水進行處理，通過調試Fe2+的投加量、H2O2投加量及投加次數、pH值和反應時間等，終確定pH=3，Fe2+的投入量=0.2mol/L，4次H2O2的投加量=0.1mol/L，反應時長為1h的情況下，COD去除率高達88.9%，由此說明此法對于制藥廢水的清除較為*。陳琳采用了UV-Fenton法(光Fenton法的一種)研究制藥廢水的處理，同時還用Fenton法進行了對比，通過對兩個方法的反應條件及環境的調節以此得到結果，實驗結果表明兩種方法對于制藥廢水都有一定的清除，但是UV-Fenton法的去除率高于Fenton法。
