豬糞及污水處理方法是與其利用和飼養工藝直接相關的。
一般采用干清糞方式的，污水比較少，容易處理;采用自動清糞方式的，污水量大，先要經過固液分離后再做處理，進行利用。豬糞及污水常用作肥料和能源(沼氣)，還有用于養魚、養藻等。
(1)用作肥料豬糞還田是我國傳統農業的重要環節，“糧—豬一肥一糧”型傳統的農業生產，即豬多肥多、肥多糧多是比較典型的生態農業，豬糞還田在改良土壤、提高農業產量方面起著重要的作用。豬糞便污水還田的方式，與清糞工藝直接相關。世界上有些國家養豬采用水沖清糞，將糞水發酵后采用罐車隨播種或機具破土埋在耕地里施用，這種方法比較簡單，但要有足夠的發酵池或發酵罐。采用干清糞方式養豬，糞便可以通過土壤的自凈作用處理，土壤獲得肥料的同時凈化糞污，節省了處理費用。但是土壤的凈化能力有限，施用過多容易造成污染，鮮糞在土壤里發酵產熱及其分解物對作物生長發育不利，所以施用量受到限制，每公頃耕地鮮糞施用量7.5-9噸。對鮮糞進行腐熟堆肥后施用，可以解決上述矛盾，又能提高肥力。在豬糞腐熟的過程中，溫度可達到50 - 70℃，殺滅糞中絕大部分的微生物、寄生蟲卵和雜草種子，處理后的肥料含水量低、無臭味，屬于遲效性肥料，使用安全方便。腐熟堆肥的條件是：保持好氧環境;水分含量40%-60%;堆肥物料的碳氮比為26-35：1，鮮豬糞為8-13:1即可，碳的比例不足可加野草、秸稈補充。腐熟堆肥簡單的方法是：在水泥地或鋪有塑料膜的地面上，或在水泥槽中，將拌好的物料堆成長條狀，高1.5-2.O米、寬1.5-3.0米，長度根據場地決定。為了保持好氧環境，糞堆中間可插入通氣管或草把，用塑料膜或泥密封，15天或1-2個月就可以使用。在經濟發達的國家，采用堆肥舍、堆肥槽、堆肥塔、堆肥盤等設備進行堆肥，大大提高了腐熟的速度，散發的臭味少，可連續生產。還有把豬糞加工成復合肥(顆粒肥料)，將液糞在貯糞罐里經過攪拌暴氣，通過微生物作用，變成腐熟的液狀肥料等加工方法。
(2)制沼氣糞便污水可以用于制沼氣，沼氣是厭氧微生物(主要是甲烷細菌)分解糞污中的含碳有機物而產生的混合氣體。沼氣是一種能源，可用于照明、作燃料、發電等。發酵后的沼渣可作為肥料，沼浪可以排人魚塘進行生物處理。沼氣發酵的類型有：高溫發酵(45-55℃)、中溫發酵(35-40℃)和常溫發酵(30-35℃)。在我國普遍采用的是常溫發酵，其適宜的條件是：①)溫度25-35℃;②酸堿度(pH) 6.5-7.5，pH低時可用石灰石或草木灰調節;③碳氮比25-30:1;④足夠的有機物，一般每立方米沼氣池加入1.6-1.8千克的固態原料為宜;⑤適宜的容積，發酵池的容積以每頭豬0.15立方米常溫發酵效率低，只是一級處理，沼液、沼渣需經進一步處理，否則可造成二次污染。如果采用中溫或高溫發酵，提高產氣效率、縮短發酵時間，也可以減輕二次處理的難度，減少二次污染。豬糞制沼氣在北方，由于氣溫低使其應用受到限制，在南方地區應用比較廣泛。
