菁染料是近紅外熒光染料中zui常用的一類熒光染料，統的可見光染料相比有顯著的優勢。由于細胞和組織的自發熒光在近紅外波段zui小，因此在檢測復雜生物系統時，近紅外染料能提供更高的特異性和靈敏度。同時，由于光波在近紅外區段的組織透過性更好。菁染料的摩爾吸光系數在熒光染料中是zui高的，Cy5 hydrazide, Cy5.5 alkyne 和Cy7 NHS ester 的吸收在近紅外區背景非常低，是熒光強度zui高、zui穩定的長波長染料。特別適合于活體小動物體內成像代替放射性元素。
目前市面上的菁染料價格比較高，主要是因為菁染料, 尤其是不對稱菁染料的合成副反應多, 副產物極性相近, 產物的分離提純相當困難。菁染料特別是水溶性菁染料分子極性大, 分離提純越加困難。因此像Sulfo Cy5 Carboxylic acid就比脂溶性的Cyanine7 amine這類產品貴一些。水溶性的Sulfo-Cyanine3 NHS ester就比脂溶性Cyanine5 azide更貴一些。
Cyanine菁染料是近紅外熒光染料中zui常用的一類熒光染料，細胞和組織的自發熒光在近紅外波段zui小，能提供更高的特異性和靈敏度，菁染料是二個非區域電荷的氮原子通過聚合搭橋的方式形成的一種分子，以下圖片詮釋：
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由于Cy染料的結構式特點，他們往往有著*的消選光系數，數值高達100,000 Lmol-1cm-1
Cy系列的熒光染料我們一般分為磺酸化菁染料和非磺酸化菁染料non-sulfonated cyanines, and sulfonated cyanines.他們的光譜性質基本相同，和蛋白 小分子修飾反應也幾乎是一樣的，*不同的在于他們的溶解性，非磺酸化菁染料是脂溶性的，磺酸化菁染料是水溶性的，結構式上也會有些不同。
Non-sulfonated cyanines非磺酸化菁染料包括以下：
Cy3.5 alkyne
Cy3 azide
Cy3 carboxylic acid
Cy3 NHS ester
Cy5 amine
Cy5 maleimide
Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
大多數非磺酸化菁染料都必須在有機相里去跟蛋白、多肽、抗體及小分子材料進行下一步的反應。
Sulfonated cyanine磺酸化菁染料包括以下：
Sulfo-Cy 5 NHS ester, Sulfo-Cy3 maleimide, Sulfo-Cy7 azide, Sulfo-Cy5 carboxylic acid
Sulfo Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
雖然非磺酸化菁染料和磺酸化菁染料有著相同的熒光特性，但是在具體使用上還是有一些差異性的，非磺酸化菁染料必須溶解在有機溶劑中如DMF或DMSO中使用，并加入緩沖水溶液buffers來使用，磺酸化菁染料溶解在水中，整個使用過程*在水相中進行。
Most derivatives of non-sulfonated cyanines (except for hydrochlorides of hydrazides and amines) have low aqueous solubility. When these molecules are used for biomolecule labeling, use of organic co-solvent (5-20% of DMF or DMSO) is necessary for efficient reaction. Cyanine dye should be dissolved in organic solvent first, and added to a solution of biomolecule (protein, peptide, amino-labeled DNA) in appropriate aqueous buffer. When conjugation takes place efficiently, the dye reacts before it precipitates.
Fluorescent properties of non-sulfonated cyanines have little dependence on solvent and surrounding. Absorbance and fluorescence spectra of non-sulfonated cyanine dyes are plotted below.
磺酸化菁染料和非磺酸化菁熒光染料可以用于標記各種不同的目標分子：
- 抗體 (use 5-10% of DMSO/DMF)
磺酸化菁熒光染料可用于：
- 在DMF或DMSO中變性的敏感蛋白
- 被透析及純化的蛋白
- 水溶性的納米粒子
- 不溶或疏水的蛋白
非磺酸化菁熒光染料可用于：
西安凱新生物科技有限公司提供的磺酸化菁染料和非磺酸化菁熒光染料純度高達95%以上，并可以因為質量無條件退換貨。
非磺酸化菁熒光染料產品列表：
Cy3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cy3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cy5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cy5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cy7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cy7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
磺酸化菁熒光染料產品列表：
Sulfo Cy3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cy3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cy5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cy5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cy7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cy7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
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